<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=gb2312">
<META content="MSHTML 6.00.2800.1595" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#cce8cf>
<DIV><FONT size=2>Dear colleague,</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2>I want to calculate the  Coul-SR energy and LJ energy between 
the receptor and&nbsp;PART of my ligand, using a given XTC file with "mdrun 
-rerun". I modified "energygrps" in the MDP file, and then type</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2>grompp -f md_rerun.mdp -c pr_out.gro -p receptor.top -n 
index.ndx -o rerun.tpr</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2>Here is the wrong information:</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2></FONT>&nbsp;</DIV><FONT size=2>
<DIV><BR>creating statusfile for 1 node...</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.1#<BR>checking input 
for internal consistency...<BR>calling /lib/cpp...<BR>processing 
topology...<BR>Generated 1284 of the 1485 non-bonded parameter 
combinations<BR>Excluding 3 bonded neighbours for Protein 1<BR>turning all bonds 
into constraints...<BR>Excluding 3 bonded neighbours for AHE 1<BR>turning all 
bonds into constraints...<BR>Excluding 2 bonded neighbours for SOL 
8605<BR>turning all bonds into constraints...<BR>Excluding 1 bonded neighbours 
for Cl 1<BR>turning all bonds into constraints...<BR>processing 
coordinates...<BR>double-checking input for internal 
consistency...<BR>Velocities were taken from a Maxwell distribution at 300 
K<BR>renumbering atomtypes...<BR>converting bonded 
parameters...<BR>#&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ANGLES:&nbsp;&nbsp; 
6004<BR>#&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; PDIHS:&nbsp;&nbsp; 
2890<BR>#&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; IDIHS:&nbsp;&nbsp; 
2400<BR>#&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ14:&nbsp;&nbsp; 
5595<BR>#&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CONSTR:&nbsp;&nbsp; 
3078<BR>#&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SETTLE:&nbsp;&nbsp; 17210<BR>Walking down the 
molecule graph to make shake-blocks<BR>initialising group 
options...<BR>processing index file...<BR>Not using any simulated 
annealing<BR>Making dummy/rest group for Acceleration containing 26823 
elements<BR>Making dummy/rest group for Freeze containing 26823 
elements<BR>Making dummy/rest group for Energy Mon. containing 25851 
elements<BR>Making dummy/rest group for VCM containing 26823 elements<BR>Number 
of degrees of freedom in T-Coupling group Protein is 1882.89<BR>Number of 
degrees of freedom in T-Coupling group AHE is 111.99<BR>Number of degrees of 
freedom in T-Coupling group SOL is 51627.11<BR>Number of degrees of freedom in 
T-Coupling group Cl is 3.00<BR>Making dummy/rest group for User1 containing 
26823 elements<BR>Making dummy/rest group for User2 containing 26823 
elements<BR>Making dummy/rest group for XTC containing 26823 elements<BR>Making 
dummy/rest group for Or. Res. Fit containing 26823 
elements<BR>T-Coupling&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; has 4 element(s): 
Protein AHE SOL Cl<BR>Energy Mon.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; has 3 
element(s): Protein disaccharide rest<BR>Acceleration&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
has 1 element(s): 
rest<BR>Freeze&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; has 1 
element(s): 
rest<BR>User1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
has 1 element(s): 
rest<BR>User2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
has 1 element(s): 
rest<BR>VCM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
has 1 element(s): 
rest<BR>XTC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
has 1 element(s): rest<BR>Or. Res. Fit&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; has 1 element(s): 
rest<BR>Checking consistency between energy and charge groups...<BR>Fatal error: 
atoms 970 and 973 in charge group 600 are in different energy groups</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I am not sure what "charge group 600" means. Atoms 970 and 973 are in my 
ligand; atom&nbsp;970 is in the part of ligand that I want to calculate energy 
(that is, "disaccharide" in "Energy Mon."), but atom 973 is not.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I am a jackeroo and want to get your advice. Many thanks!</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Sincerely,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>MC Yan</DIV>
<DIV></FONT>&nbsp;</DIV></BODY></HTML>