I didn&#39;t do any conversion. The gro file is restart file of the end of MD.<br><br><div class="gmail_quote">On Jan 15, 2008 4:18 PM, Tsjerk Wassenaar &lt;<a href="mailto:tsjerkw@gmail.com">tsjerkw@gmail.com</a>&gt; wrote:
<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Hi Myunggi Yi,<br><br>Did you by chance use trjconv prior to visualization? If so, what options did you use? mdrun doesn&#39;t write broken molecules.
<br><br>Cheers,<br><br>Tsjerk<div><div></div><div class="Wj3C7c"><br><br><div class="gmail_quote">On Jan 15, 2008 8:48 PM, Justin A. Lemkul &lt;
<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt; wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div>Quoting Myunggi Yi &lt;
<a href="mailto:myunggi@gmail.com" target="_blank">myunggi@gmail.com</a>&gt;:<br><br>&gt; I don&#39;t think this is caused by VMD.<br>&gt; The real coordinates of the part of the molicule in the .gro file (restart<br>&gt; file from the end of simulation) will tell you.
<br>&gt; This means gromacs doesn&#39;t keep the whole molecule.<br><br></div>I have never known mdrun to write a broken molecule, so I would suspect the<br>visualization as well.<br><div><br>&gt;<br>&gt; Would you let me know what simulation setup you need for the cheking?
<br>&gt;<br>&gt; I used editconf to convert the .pdb file to .gro file.<br><br></div>What .pdb structure? &nbsp;Your statement above said you already had a .gro file.<br><div><br>&gt; Since the structure (.pdb) was pre-equilibrated one, I did setup box size
<br>&gt; manually (not using editconf).<br><br></div>Why not? &nbsp;Using editconf should produce the appropriate box dimensions at the<br>bottom of the output .gro file.<br><br>-Justin<br><div><div></div><div><br>
&gt; There were more than three float numbers at the bottom of .gro file.<br>&gt; I left only the first three, and replaced with the known box size.<br>&gt;<br>&gt; Is this enough for PBC simulation? (manually typing box size at the bottom
<br>&gt; of .gro file)<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; On Jan 15, 2008 10:13 AM, Alan Dodd &lt;<a href="mailto:anoddlad@yahoo.com" target="_blank">anoddlad@yahoo.com</a>&gt; wrote:<br>&gt;<br>&gt; &gt; I&#39;d suggest this is an issue with VMD rather than gromacs. &nbsp;You have to be
<br>&gt; &gt; quite careful which .gro you use to provide the original structure, make<br>&gt; &gt; sure it is actually the starting frame and not anything else - this is<br>&gt; &gt; something I&#39;ve seen cause this sort of problem before.
<br>&gt; &gt; Normally, of course, PBC settings in Gromacs keep molecules whole in the<br>&gt; &gt; output file quite reliably, but not knowing how you&#39;ve set your simulation<br>&gt; &gt; up, I couldn&#39;t comment on that. &nbsp;Using ngmx is a good way to check that
<br>&gt; &gt; Gromacs itself is doing what you think it is.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ----- Original Message ----<br>&gt; &gt; From: Myunggi Yi &lt;<a href="mailto:myunggi@gmail.com" target="_blank">myunggi@gmail.com</a>
&gt;<br>&gt; &gt; To: Discussion list for GROMACS users &lt;
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt; &gt; Sent: Tuesday, January 15, 2008 2:51:20 PM<br>&gt; &gt; Subject: [gmx-users] image control<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Dear users,
<br>&gt; &gt;
<br>&gt; &gt; I&#39;m running NPT simulation POPC with a short peptide.<br>&gt; &gt; I see the long bonds across the unit cell in VMD.<br>&gt; &gt; Why am I getting broken lipid molecules in the trajectory (original .xtc
<br>
&gt; &gt; file w/o any post-modification)?<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Some lipids move whole molecules, but some are broken.<br>&gt; &gt; How can I control the unit of image?<br>&gt; &gt; I couldn&#39;t find any related word in the manual.
<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; I assume image will be done by &quot;residue&quot;.<br>&gt; &gt; Then I shouldn&#39;t get this strange result.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; I got the popc.itp from Dr. Tieleman&#39;s web site.<br>
&gt; &gt; Any idea?
<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; --<br>&gt; &gt; Best wishes,<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; MYUNGGI YI<br>&gt; &gt; ==================================<br>&gt; &gt; KLB 419<br>&gt; &gt; Institute of Molecular Biophysics
<br>&gt; &gt; Florida State University<br>&gt; &gt; Tallahassee, FL 32306<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Office: (850) 645-1334<br></div></div>&gt; &gt; <a href="http://www.scs.fsu.edu/%7Emyunggi" target="_blank">http://www.scs.fsu.edu/~myunggi
</a> &lt;<a href="http://www.scs.fsu.edu/%7Emyunggi" target="_blank">http://www.scs.fsu.edu/%7Emyunggi</a>&gt;<br><div>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; -----Inline Attachment Follows-----<br>&gt; &gt;<br>
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http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; &gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>&gt; &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>&gt; &gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt; &gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">

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<br>&gt;<br>&gt; MYUNGGI YI<br>&gt; ==================================<br>&gt; KLB 419<br>&gt; Institute of Molecular Biophysics<br>&gt; Florida State University<br>&gt; Tallahassee, FL 32306<br>&gt;<br>&gt; Office: (850) 645-1334
<br>&gt; <a href="http://www.scs.fsu.edu/%7Emyunggi" target="_blank">http://www.scs.fsu.edu/~myunggi</a><br>&gt;<br><br><br><br></div>========================================<br><br>Justin A. Lemkul<br>Graduate Research Assistant
<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br><a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> | (540) 231-9080<br><a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/" target="_blank">

http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/</a><br><br>========================================<br><div><div></div><div>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at 
<a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">

gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></div></div></blockquote></div><br>

<br clear="all"><br></div></div>-- <br>Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>Junior UD (post-doc)<br>Biomolecular NMR, Bijvoet Center<br>Utrecht University<br>Padualaan 8 <br>3584 CH Utrecht<br>The Netherlands<br>P: +31-30-2539931 &nbsp; &nbsp;
<br>F: +31-30-2537623
<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Best wishes,<br><br>MYUNGGI YI<br>==================================<br>KLB 419<br>Institute of Molecular Biophysics<br>Florida State University<br>Tallahassee, FL 32306
<br><br>Office: (850) 645-1334<br><a href="http://www.scs.fsu.edu/~myunggi">http://www.scs.fsu.edu/~myunggi</a>