Thank you all of you.<br><br>I&#39;ve got a pre-equilibrated hydrated POPC bilayer from a web-site.<br>I made a hole, and I placed my protein.<br>Now, what is the next step?<br><br><br><div class="gmail_quote">On Jan 15, 2008 4:58 PM, Justin A. Lemkul &lt;
<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt; wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><div></div><div class="Wj3C7c">
Quoting Myunggi Yi &lt;<a href="mailto:myunggi@gmail.com">myunggi@gmail.com</a>&gt;:<br><br>&gt; On Jan 15, 2008 2:48 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt; wrote:<br>&gt;<br>&gt; &gt; Quoting Myunggi Yi &lt;
<a href="mailto:myunggi@gmail.com">myunggi@gmail.com</a>&gt;:<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; I don&#39;t think this is caused by VMD.<br>&gt; &gt; &gt; The real coordinates of the part of the molicule in the .gro file<br>
&gt; &gt; (restart<br>&gt; &gt; &gt; file from the end of simulation) will tell you.<br>&gt; &gt; &gt; This means gromacs doesn&#39;t keep the whole molecule.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; I have never known mdrun to write a broken molecule, so I would suspect
<br>&gt; &gt; the<br>&gt; &gt; visualization as well.<br>&gt; &gt;<br>&gt;<br>&gt; As I said I have already confirmed &nbsp;with ngmx, and I can check<br>&gt; the .gro file (text file).<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; Would you let me know what simulation setup you need for the cheking?
<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; I used editconf to convert the .pdb file to .gro file.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; What .pdb structure? &nbsp;Your statement above said you already had a .gro<br>&gt; &gt; file.<br>&gt; &gt;<br>
&gt;<br>&gt; I did the initial setup from pre-equilibrated pdb file.<br>&gt; Then the above (.gro) is the MD result.<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; &gt; &gt; Since the structure (.pdb) was pre-equilibrated one, I did setup box<br>
&gt; &gt; size<br>&gt; &gt; &gt; manually (not using editconf).<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Why not? &nbsp;Using editconf should produce the appropriate box dimensions at<br>&gt; &gt; the<br>&gt; &gt; bottom of the output .gro file.
<br>&gt; &gt;<br>&gt;<br>&gt; Since I have pre-equilibrated system, I don&#39;t want to waste time.<br>&gt; As you know If I make a large box, during the equilibration the system will<br>&gt; be distorted a lot.<br><br></div>
</div>Perhaps I&#39;m missing the purpose of what you&#39;re trying to do. &nbsp;Do I understand<br>correctly that you have a pre-equilibrated system (.pdb) and you want to run MD<br>on a similar system that is just larger? &nbsp;To me, that sounds like a job for
<br>genconf with the original .pdb file (create replicas of your system with an<br>appropriate box size, not one that gets put in manually).<br><br>If I&#39;m misunderstanding, it might be beneficial to describe your system in a bit
<br>more detail so we can all understand what&#39;s going on.<br><div class="Ih2E3d"><br>&gt; To get the right system I need long long time equilibration.<br>&gt;<br>&gt; However, my question is this.<br>&gt; Does this cause the image problem?
<br>&gt; Even though I prepare the large BOX with &quot;editconf&quot;, I see the same problem<br><br></div>See above, regarding genconf, if that&#39;s what you&#39;re trying to do.<br><font color="#888888"><br>-Justin<br>
</font><div><div></div><div class="Wj3C7c"><br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; -Justin<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; There were more than three float numbers at the bottom of .gro file.<br>&gt; &gt; &gt; I left only the first three, and replaced with the known box size.
<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; Is this enough for PBC simulation? (manually typing box size at the<br>&gt; &gt; bottom<br>&gt; &gt; &gt; of .gro file)<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; On Jan 15, 2008 10:13 AM, Alan Dodd &lt;
<a href="mailto:anoddlad@yahoo.com">anoddlad@yahoo.com</a>&gt; wrote:<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; I&#39;d suggest this is an issue with VMD rather than gromacs. &nbsp;You have<br>&gt; &gt; to be<br>&gt; &gt; &gt; &gt; quite careful which .gro you use to provide the original structure,
<br>&gt; &gt; make<br>&gt; &gt; &gt; &gt; sure it is actually the starting frame and not anything else - this is<br>&gt; &gt; &gt; &gt; something I&#39;ve seen cause this sort of problem before.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Normally, of course, PBC settings in Gromacs keep molecules whole in
<br>&gt; &gt; the<br>&gt; &gt; &gt; &gt; output file quite reliably, but not knowing how you&#39;ve set your<br>&gt; &gt; simulation<br>&gt; &gt; &gt; &gt; up, I couldn&#39;t comment on that. &nbsp;Using ngmx is a good way to check
<br>&gt; &gt; that<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Gromacs itself is doing what you think it is.<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; ----- Original Message ----<br>&gt; &gt; &gt; &gt; From: Myunggi Yi &lt;<a href="mailto:myunggi@gmail.com">
myunggi@gmail.com</a>&gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Sent: Tuesday, January 15, 2008 2:51:20 PM
<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Subject: [gmx-users] image control<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Dear users,<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; I&#39;m running NPT simulation POPC with a short peptide.<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; I see the long bonds across the unit cell in VMD.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Why am I getting broken lipid molecules in the trajectory (original<br>&gt; &gt; .xtc<br>&gt; &gt; &gt; &gt; file w/o any post-modification)?
<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Some lipids move whole molecules, but some are broken.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; How can I control the unit of image?<br>&gt; &gt; &gt; &gt; I couldn&#39;t find any related word in the manual.
<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; I assume image will be done by &quot;residue&quot;.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Then I shouldn&#39;t get this strange result.<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; I got the 
popc.itp from Dr. Tieleman&#39;s web site.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Any idea?<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; --<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Best wishes,<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; MYUNGGI YI
<br>&gt; &gt; &gt; &gt; ==================================<br>&gt; &gt; &gt; &gt; KLB 419<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Institute of Molecular Biophysics<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Florida State University<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Tallahassee, FL 32306
<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Office: (850) 645-1334<br>&gt; &gt; &gt; &gt; <a href="http://www.scs.fsu.edu/%7Emyunggi" target="_blank">http://www.scs.fsu.edu/~myunggi</a> &lt;<a href="http://www.scs.fsu.edu/%7Emyunggi" target="_blank">
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<br>&gt; &gt; &gt; KLB 419<br>&gt; &gt; &gt; Institute of Molecular Biophysics<br>&gt; &gt; &gt; Florida State University<br>&gt; &gt; &gt; Tallahassee, FL 32306<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; Office: (850) 645-1334<br>
&gt; &gt; &gt; <a href="http://www.scs.fsu.edu/%7Emyunggi" target="_blank">http://www.scs.fsu.edu/~myunggi</a> &lt;<a href="http://www.scs.fsu.edu/%7Emyunggi" target="_blank">http://www.scs.fsu.edu/%7Emyunggi</a>&gt;<br>&gt; &gt; &gt;
<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br></div></div><div><div></div><div class="Wj3C7c">&gt; &gt; ========================================<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Justin A. Lemkul<br>&gt; &gt; Graduate Research Assistant
<br>&gt; &gt; Department of Biochemistry<br>&gt; &gt; Virginia Tech<br>&gt; &gt; Blacksburg, VA<br>&gt; &gt; <a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>&gt; &gt; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/" target="_blank">
http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/</a><br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ========================================<br>&gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; &gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; &gt; Please search the archive at 
<a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>&gt; &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt; www interface or send it to 
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</a><br>&gt; &gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; --<br>&gt; Best wishes,<br>&gt;<br>&gt; MYUNGGI YI<br>&gt; ==================================<br>&gt; KLB 419<br>&gt; Institute of Molecular Biophysics<br>&gt; Florida State University
<br>&gt; Tallahassee, FL 32306<br>&gt;<br>&gt; Office: (850) 645-1334<br>&gt; <a href="http://www.scs.fsu.edu/%7Emyunggi" target="_blank">http://www.scs.fsu.edu/~myunggi</a><br>&gt;<br><br><br><br>========================================
<br><br>Justin A. Lemkul<br>Graduate Research Assistant<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br><a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a> | (540) 231-9080<br><a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/" target="_blank">
http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/</a><br><br>========================================<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">
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<br><br>MYUNGGI YI<br>==================================<br>KLB 419<br>Institute of Molecular Biophysics<br>Florida State University<br>Tallahassee, FL 32306<br><br>Office: (850) 645-1334<br><a href="http://www.scs.fsu.edu/~myunggi">
http://www.scs.fsu.edu/~myunggi</a>