<P>
hi, <BR>
&nbsp;  Actualy in the same directory and there are files with .hdb .atp extensions, but the <BR>
problem is that i am yet to know how to get those files which I am missing?<BR>
thanks<BR>
 sarbani&nbsp; <BR>
<BR>
<BR>
On Thu, 17 Jan 2008 Justin A.Lemkul wrote :<BR>
&gt;Take a look at the other force field files in the same directory.&nbsp; What files<BR>
&gt;are there (.rtp, .atp, .hdb, etc)?&nbsp; You are still missing a lot of files.<BR>
&gt;Search the mailing list archive for charmm; I recall seeing a few posts<BR>
&gt;regarding where to download the necessary components, but I have never used<BR>
&gt;them so I can't help much more than that.<BR>
&gt;<BR>
&gt;-Justin<BR>
&gt;<BR>
&gt;Quoting sarbani chattopadhyay &lt;sarbani_c84@rediffmail.com&gt;:<BR>
&gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp;  hi,<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; I am trying to run gromacs using charmm force field.<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &nbsp;  I run the perl program convert_charmm_to_gromacs.pl on the charmm force<BR>
&gt; &gt; field input<BR>
&gt; &gt; file.<BR>
&gt; &gt; the following 2 files were generated<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ffcharmmbon.itp<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ffcharmmnb.itp<BR>
&gt; &gt; these were added to &quot;/usr/local/gromacs/share/gromacs/top&quot;&nbsp; and GMXLIB path<BR>
&gt; &gt; was set as<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &quot;export GMXLIB=/usr/local/gromacs/share/gromacs/top&quot;<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt; the 'pdb2gmx' command was run using the command:<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &quot;pdb2gmx -f 1aoc-PPF.pdb -ff charmm -ignh -ter&quot;<BR>
&gt; &gt; but the following error message is coming<BR>
&gt; &gt; &quot;Library file ffcharmm.rtp not found in current dir nor in your GMXLIB path.&quot;<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt; Please help to solve this problem.<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt; thanks in advance.<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;========================================<BR>
&gt;<BR>
&gt;Justin A. Lemkul<BR>
&gt;Graduate Research Assistant<BR>
&gt;Department of Biochemistry<BR>
&gt;Virginia Tech<BR>
&gt;Blacksburg, VA<BR>
&gt;jalemkul@vt.edu | (540) 231-9080<BR>
&gt;http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/<BR>
&gt;<BR>
&gt;========================================<BR>

</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-home.htm/1050715198@Middle5/2034126_2026897/2033988/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null' target=new ><img src ='http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/2034126_2026897/creative_2033988.gif'  alt='Black &amp; White'  border=0></a></td></TR></Table>