For the Gromacs-CPMD interface you have to specify the QM groups in your .mdp file like this "QMMM-grps                = QM_part". Then open your index file and create an atom group with the same name "QM_part" and add in it all atoms that you want to treat with CPMD.
<br>If this doesn&#39;t work you should send to the list a output of you calculation.<br>Marius Retegan<br><br><br><div class="gmail_quote">On Jan 18, 2008 12:25 PM, Andrey V Golovin &lt;<a href="mailto:golovin@belozersky.msu.ru">
golovin@belozersky.msu.ru</a>&gt; wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Dear all,<br><div class="gmail_quote">We successfully passed all examples in GMX-CPMD and some other stuff with amberff with common atoms, but since we trying to deal with K+ (potassium)&nbsp; in QM&nbsp; part, we see every time absence of potassium in CPMD_inp.run, it&#39;s just skipped. In very beginning CPMD shows right number of atoms in QM group, but K is not mentioned in cpmd input file.
<br><br>Potassium and pseudopotential was included in CPMD_inp.tmpl.<br>We checked different ways of including Potassium in ff, like amber_XX or just K+.<br>Pseudopotential was build with Ultrasoft Pseudopotential Package.
<br>Gmx-cpmd was compiled from site   P. K. Biswas.<br><br>Any ideas?<br>Thanks in advance, Andrey<br clear="all"><br>-- <br>Best regards, Andrey<br><font color="#888888">------------------------------------------------------------------------------------------------
<br>Andrey V. Golovin<br>Ph.D, Assistant professor &nbsp; tel: +7 (495) 939-5305 &nbsp;<br>Bioengineering and<br>Bioinformatics Department &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<br>Moscow State University &nbsp; &nbsp; fax: +7 (495) 939-3181<br>119992 Moscow &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; E-mail: 
<a href="mailto:golovin@genebee.msu.su" target="_blank">golovin@genebee.msu.su</a><br>Russia &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;web: <a href="http://rnp-group.genebee.msu.su" target="_blank">http://rnp-group.genebee.msu.su</a>

<br>------------------------------------------------------------------------------------------------
</font></div><br><br clear="all"><br><br>
<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br></blockquote></div><br>