Dear all,<br><div class="gmail_quote">We successfully passed all examples in GMX-CPMD and some other stuff with amberff with common atoms, but since we trying to deal with K+ (potassium)&nbsp; in QM&nbsp; part, we see every time absence of potassium in CPMD_inp.run, it&#39;s just skipped. In very beginning CPMD shows right number of atoms in QM group, but K is not mentioned in cpmd input file.
<br><br>Potassium and pseudopotential was included in CPMD_inp.tmpl.<br>We checked different ways of including Potassium in ff, like amber_XX or just K+.<br>Pseudopotential was build with Ultrasoft Pseudopotential Package.
<br>Gmx-cpmd was compiled from site   P. K. Biswas.<br><br>Any ideas?<br>Thanks in advance, Andrey<br clear="all"><br>-- <br>Best regards, Andrey<br><font color="#888888">------------------------------------------------------------------------------------------------
<br>Andrey V. Golovin<br>Ph.D, Assistant professor &nbsp; tel: +7 (495) 939-5305 &nbsp;<br>Bioengineering and<br>Bioinformatics Department &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<br>Moscow State University &nbsp; &nbsp; fax: +7 (495) 939-3181<br>119992 Moscow &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; E-mail: 
<a href="mailto:golovin@genebee.msu.su" target="_blank">golovin@genebee.msu.su</a><br>Russia &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;web: <a href="http://rnp-group.genebee.msu.su" target="_blank">http://rnp-group.genebee.msu.su</a>
<br>------------------------------------------------------------------------------------------------
</font></div><br><br clear="all"><br><br>