<div>I am following the tutorial given in the gromacs manual.&nbsp; While it does have a stepwise directions, there is a paucity of detail.&nbsp; The Dundee server is part of those directions.</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>You are right, charge derivation is part of forcefield development.&nbsp; But which forcefield does this server use?&nbsp; And unless the forcefield is a fully united atom forcefield, the highly positive charge on nitrogen makes no sense.&nbsp; And if it is a united atom forcefield - why add hydrogens?&nbsp; If the forcefield includes only polar hydrogens, why do amino protons on a protonated NH2 group have a negative charge?
</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>These issues are above and beyond a simple read of wth Wiki on gromacs.&nbsp; So I again ask what is going on RE: my previous post.<br><br>Mark</div>
<div class="gmail_quote">
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
<div>
<div class="Wj3C7c"><br><br>&nbsp;</div></div>All of the above is predicated on your choice of &quot;force field&quot; as a<br>model of physics. That server you mention produces topologies in a<br>manner (apparently - I know nothing about it) consistent with one such
<br>force field. The primary source of information about it is the<br>publication in which they announced it. You should read about how it was<br>developed, and what method that server uses, and form your own<br>conclusions. Also, see here
<br><a href="http://wiki.gromacs.org/index.php/Parameterization" target="_blank">http://wiki.gromacs.org/index.php/Parameterization</a><br><br>Mark<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at 
<a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">
gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br>