Hi,<br><br>I am novice GROMACS user and I am trying to use the d.lzm benchmark of GROMACS for a parallel MPI run.&nbsp; Its working fine for the 8 processor case, but from 16 processors onwards (tried until 256 processors), running grompp is giving me errors for &quot;Shake block crossing node boundaries&quot;.&nbsp; ( I am not a MD person at all, so I have no idea what this means.).&nbsp; The version I am using is 
3.3.1 and the command line I used is <br><br>$ grompp -f cutoff.mdp -np 16<br><br>The exact error I am getting is :<br><br>Checking consistency between energy and charge groups...<br>splitting topology...<br>Walking down the molecule graph to make shake-blocks
<br>There are 7882 charge group borders and 7846 shake borders<br>There are 7429 total borders<br>Division over nodes in atoms:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1453&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1451&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1449&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1449&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1449&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1452&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1449&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1452&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1449&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1452&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1449&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1452&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1449&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1452&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1449&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1451
<br>-------------------------------------------------------<br>Program grompp, VERSION 3.3.1<br>Source code file: splitter.c, line: 121<br><br>Fatal error:<br>Shake block crossing node boundaries<br>constraint between atoms (1447,1454)
<br>-------------------------------------------------------<br><br>I saw that there were a couple of other threads which talked about this:<br><br><a href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2005-January/013680.html">
http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2005-January/013680.html</a><br><a href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-developers/2004-January/000733.html">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-developers/2004-January/000733.html
</a><br><br>But none of them had any solutions provided.&nbsp; The second one said I tried looking up the bugzilla and documentation for any bugs and found this : <a href="http://bugzilla.gromacs.org/show_bug.cgi?id=110">http://bugzilla.gromacs.org/show_bug.cgi?id=110
</a>.&nbsp; It seems to suggest that there is something wrong with the topology file, but I am using the standard topology file shipped with d.lzm.<br><br>Does anybody faced this problem before and has a solution ? Or is this a known issue ?
<br><br>Thanks in advance,<br>Ganesh<br><br><br><br>