<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;">Dear Jochen,<br><br>Many thanx for your reply. It is really very nice to hear that it shouldn't make any big difference since I have already completed several lipid peptide simulations for ~20ns. :-)<br><br>thanks and regards,<br>Pri...<br><br><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;">----- Original Message ----<br>From: Jochen Hub &lt;jhub@gwdg.de&gt;<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>Sent: Thursday, 24 January, 2008 5:27:49 PM<br>Subject: Re: [gmx-users] comm_grps<br><br>In case of a lipid membrane simulation I would consider it as more <br>natural to keep the membrane in the center of the box, hence to apply <br>the com correction to
 the lipids only. In the end it might, however,
 not <br>make a big difference...<br><br>Jochen<br><br>priyanka srivastava wrote:<br>&gt; Dear All,<br>&gt;<br>&gt; I am a little confused with the application of<br>&gt; comm_grps. I have a lipid-peptide system in which I am<br>&gt; using the default values i.e. <br>&gt;<br>&gt; comm_mode: linear<br>&gt; nstcomm: 1<br>&gt; comm_grps: whole system<br>&gt;<br>&gt; Is there something wrong with defining comm_grps =<br>&gt; whole system for the lipid-peptide case? Is it<br>&gt; necessary to define lipid+peptide and solvent<br>&gt; separately?<br>&gt;<br>&gt; Eagerly waiting for the reply,<br>&gt; Priyanka<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; 
 ____________________________________________________________________________________<br>&gt; Never miss a thing.&nbsp; Make Yahoo your home page. <br>&gt; <a href="http://www.yahoo.com/r/hs" target="_blank">http://www.yahoo.com/r/hs</a><br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before
 posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt; Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>&gt;<br>&gt; .<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;  <br><br><br>-- <br>************************************************<br>Jochen Hub<br>Max Planck Institute for Biophysical Chemistry<br>Computational biomolecular dynamics group<br>Am Fassberg 11<br>D-37077 Goettingen, Germany<br>Email: jhub[at]gwdg.de<br>************************************************ <br><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a
 href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before
 posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></div><br></div></div><br>


      <!--2--><hr size=1></hr> Did you know? You can CHAT without downloading messenger. <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_webmessenger_2/*http://in.messenger.yahoo.com/webmessengerpromo.php"> Click here</a></body></html>