hi all,<br>
i have one problem regarding &#39;editconf&#39; for using add simulation box,
my protein contain 59 residues + crystal water -103 molecules<br>
In one tutorial they have used following command for add simualation box<br>
1.editconf&nbsp; ­bt&nbsp;cubic&nbsp;–f&nbsp;fws.pdb –o&nbsp;fws.pdb –d&nbsp;0.9 &nbsp;&nbsp; - in this 0.9 is nm<br>
<br>
&nbsp;i have reffered in gmxusers(archives) they have used following command for adding simulation box and water<br>
&nbsp;1. editconf -f popc128a.pdb -o po_box.pdb -box 6.1065 6.1059 9.0000 -c<br>
&nbsp;2. genbox&nbsp; -cp&nbsp; po_box.pdb&nbsp; -cs&nbsp; -o&nbsp; po_sol.pdb&nbsp; -p&nbsp; lip.top<br>
<br>
based on above things i have used following commands for adding simulation box and water<br>
<br>
1.editconf&nbsp; ­bt&nbsp;cubic&nbsp;–f&nbsp;fws.pdb –o&nbsp;fws.pdb –d&nbsp;0.4 &nbsp;&nbsp; - in this 0.4 is nm<br>
2. genbox&nbsp; -cp&nbsp; po_box.pdb&nbsp; -cs&nbsp; -o&nbsp; po_sol.pdb&nbsp; -p&nbsp; prot.top&nbsp; <br>
program was finished without error and it added 4884 water molecules around my protein<br>
is it right, what i have done&nbsp; or any&nbsp; chages i have to&nbsp; do? <br>
<br>
pls help me.....<br>
thanks in advance.