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<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>I want to do energy minimization on a loop that had been missing and was filled in by<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>modloop, while freezing the rest of the protein. </FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3></FONT>&nbsp;</P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>Before the minimization I have an SO4 ion and 135 water molecules from the crystallography around the protein. After the minimization the protein has been translated in the y direction away from the water and SO4. </FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>My freeze group is :</FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>0 &amp; ! 15 which is System and not loop. </FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>I’m confused about why part of the freeze group (the protein) is translated away from the other part (So4 + crystal water). This happens with both steep and l-bfgs.</FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>Thanks for your help!</FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>Patricia Francis-Lyon</FONT></P><br /><hr />Shed those extra pounds with MSN and The Biggest Loser! <a href='http://biggestloser.msn.com/' target='_new'>Learn more.</a></body>
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