<P>
&nbsp; <BR>
Hi,<BR>
&nbsp;  I wanted to know the correct way to use the script fix_top_for_charmm.pl.&nbsp; <BR>
&nbsp; i did the following :<BR>
 fix_top_for_charmm.pl grompp -f em.mdp -c b4em.gro -o em.tpr<BR>
<BR>
grompp grompp -f em.mdp -c b4em.gro -o em.tpr -maxwarn 999 2&gt;&amp;1 1&gt;/dev/null<BR>
Success! .top file did not need fixing for CHARMM forcefield.<BR>
<BR>
 grompp -f em.mdp -c b4em.gro -o em.tpr<BR>
<BR>
it gives the followig error<BR>
ERROR 0 [file &quot;topol.top&quot;, line 533]:<BR>
&nbsp; No default Ryckaert-Bell. types<BR>
<BR>
Any help will be appreciated.<BR>
thanks in advance
</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-home.htm/1050715198@Middle5/2030902_2023692/2033978/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null' target=new ><img src ='http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/2030902_2023692/creative_2033978.gif'  alt='Times Job Search'  border=0></a></td></TR></Table>