Thanks for valuable suggestions.<br>The simulation cell has dimension of 5.8nmX5.8nmX3*5.8nm.. And a single layer consists of 400 atoms and thus has a dimension of 5.46nmX5.46nm in XY plane. Do you think system size is small enough for long-range <br>non-bonded interactions and/or velocities to traverse the vacuum gap?<br>having the information of surface dimension, can I still use distance restraints to hold all my molecules of tetrahydrofuran?<br><br>And the physical model is comparable with what people have published. Moreover, People have done some monte carlo simulation studies, there they have used a repulsive (reflecting) wall to apply periodic boundary condition only in a plane.<br><br>And I think not having a proper boundary condition in my system is a cause of error in my results.<br><br>Thanks<br>Rohit<br><br><br><b><i>Mark Abraham &lt;Mark.Abraham@anu.edu.au&gt;</i></b> wrote:<blockquote class="replbq" style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left:
 5px; padding-left: 5px;"> Rohit wrote:<br>&gt; Hi Mark,<br>&gt; Please accept my apology for not putting a descriptive subject line.<br>&gt; My query is regarding the periodic boundary condition only. I read from <br>&gt; email archives regarding implementing periodic boundary conditions in XY <br>&gt; plane and not in Z direction and one can do that by increasing the size <br>&gt; of box in z direction by 2-3 times and thus creating a vacuum boundary. <br>&gt; However, in my case molecules are still moving to other side (i.e -Z) <br>&gt; and interacting with the gold surface. But what I want is interaction <br>&gt; only at the top surface not the opposite surface.<br><br>This suggests that your system size is small enough that your long-range <br>non-bonded interactions and/or velocities are big enough that you can <br>traverse the vacuum gap. Is your physical model comparable with <br>published studies? If not, check there first.  Other than increasing <br>your gap or
 playing with your physics, there's not much one can suggest. <br>You could use distance restraints on all particles that keep them within <br>a certain distance of an atom the surface, but this might be problematic <br>if the surface's area is large with respect to the restraint distance. <br>I'd much rather fix my physics than do this, however.<br><br>&gt; I guess now problem is lucid.<br>&gt; Please help me if anything can be done to have a system where molecules <br>&gt; can interact only at the top surface of gold layer not the below surface.<br><br>Mark<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read
 http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br></blockquote><br><p>&#32;


      <!--1--><hr size=1></hr> Bollywood, fun, friendship, sports and more. You name it, <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_groups_1/*http://in.promos.yahoo.com/groups"> we have it.</a>