Hi gmx-users,<br>
<br>
Can anyone tell me how to find the total energy of the protein only (not the system)?<br>
<br>
What I&#39;ve done is I minimized the system first, then I took out the
water from the pdb file, then minimized it again without water, and get
the total energy from the log file.<br>
But when I&#39;m comparing the result to get the delta Emm, the result did not make any sense.<br>
<br>
Can someone help me on this please.<br>
<br>
Thank you very much,<br>
<br>
Yoshiko <br>
Graduate Student<br>
<br>