Greetings,<br>I am simulating tip4p-ICE between two slabs of silicon.&nbsp; Prior to using grompp, the configuration renders correctly in VMD and appears as intended.<br>After using grompp and mdrun, the system errors out with LINCS errors.&nbsp; The recorded configuration steps show the silicon slabs pushed together in the middle with the water on either side.&nbsp; The processed topology is correct, but the output configuration isn&#39;t accessible and mdrun doesn&#39;t produce a trajectory file for a canceled run.<br>
1. Is there a way to check the configuration of a system after running grompp?<br><br>2. Is there a reason grompp would drastically change the configuration of a system?<br><br>I am using Gromacs 3.3.1 and can supply any or all of the input files upon request.<br>
Thank you for any assistance <br><br>Caleb Carlin<br>