First, thank you to everyone that responded.&nbsp; The suggestions for viewing the output of grompp worked.<br><br>Grompp was changing the configuration file because of the order of the molecules in the .top file.&nbsp; The initial .gro file listed the silicon first and the water second, while the .top listed them the other way around.&nbsp; Reversing these in the [molecules] section resolved the issue.&nbsp; The ordering in the itp file may have affected this as well.<br>
<br>The symptoms were a reordering of atoms in the .gro file and the following error in the grompp output:<br><pre style="font-family: times new roman,serif;">Warning: atom names in topol.top and Config.GRO don&#39;t<br>&gt; match (O - SI)</pre>
Thank you again for your help.<br><br>Caleb Carlin<br>