<div>Thankyou Justin for your suggestion</div>
<div><br>I&nbsp;tried this command---&gt;</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>trjconv -f myprotein.trr -o trajout_whole.trr -pbc&nbsp; whole</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>&nbsp;this was showing this error</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>&nbsp;&quot;can not open file</div>
<div>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; topol.tpr&quot;</div>
<div>&nbsp;then</div>
<div>I repeated the same command with &quot;-s topol.tpr&quot;</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>then</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>trjconv -f trajout_whole.trr -o trajout_nojump.trr -pbc nojump</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>then</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>g_rms -s topol.tpr -f trajout_nojump.trr -o trajout_nojump_rmsd.xvg -xvgr</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>but now this is showing Fatal Error</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>&quot; Molecule in topology has atom numbers below and above natoms. you are probably trying to use a trajectory which does not match the first 330 atoms of the run input file. You can make a matching run input file with tpbconv.&quot;</div>

<div>&nbsp;</div>
<div>with regards</div>
<div>&nbsp;Anamika</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br></div>