<DIV>Dear sir :</DIV>  <DIV>In fact, I have a&nbsp;complex&nbsp;structure(which contains protein and chromophore),&nbsp;though I have known the usual procedure dealing with ligand or drug in&nbsp;the gromacs, such as Prodrg server.&nbsp;Now I want to use Amber force field, and must deal with&nbsp;chromophore molecule in the complex using amb2gmx.pl, then have&nbsp;chromophore.gro and&nbsp;top file.&nbsp;But when the simulation runs, I need&nbsp;a complex&nbsp;entire &nbsp;gro&nbsp;and top files in order to run, but I do not know how to use existing top and gro files to produce entire gro and top . Are you clear?</DIV>  <DIV>Regards!&nbsp;&nbsp; <BR><BR><B><I>Mark Abraham &lt;Mark.Abraham@anu.edu.au&gt;</I></B> 写道:</DIV>  <BLOCKQUOTE class=replbq style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #1010ff 2px solid">xi zhao wrote:<BR>&gt; Dear sir :<BR>&gt; Can you tell me a detail of procedure, I have only chromophore molecular <BR>&gt; top,but I need entire top and
 gro for pdb + chromophore! <BR><BR>Your use of terminology is unclear - and you can't afford this sort of<BR>lack of clarity in science. pdb, gro and top are all generic file<BR>formats. Your first email implied that you did have a file with your<BR>initial coordinates. The above implies the opposite. If you lack a file<BR>containing your initial coordinates, then you may need to do some<BR>serious leg-work to get one, e.g. search the Protein Data Bank.<BR><BR>I'd also suggest you follow Justin's advice, and do some tutorial<BR>material. If nothing else they should teach you by example some better<BR>ways of describing these things! :)<BR><BR>Mark<BR>_______________________________________________<BR>gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>www interface or send it to
 gmx-users-request@gromacs.org.<BR>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR></BLOCKQUOTE><BR><p>&#32;


      <hr size=1><a href="http://cn.mail.yahoo.com/gc/index.html?entry=5&souce=mail_mailletter_tagline">雅虎邮箱传递新年祝福,个性贺卡送亲朋!</a>