Thanks for your reply Mr.justin<br>i am sending the commands and .itp file sequence<br>the command i have used for protein insertion into membrane&nbsp; is  <br>genbox -cs lipid.gro -cp protein.gro -p topol.top -o popc_protein.gro , this command was fine it ran without error. <br>
Later<br>grompp -f em.mdp -c popc_protein.gro(generated by genbox) -p topol.top (generated by genbox) -o em.tpr<br>when i ran this grompp command its showing that atom typr NR, HC, CR1 not found<br>&nbsp;i am pasting part of my topology file<br>
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This is your topology file<br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &quot;Move Over Hogey Bear&quot; (Urban Dance Squad)<br>;<br>; Include forcefield parameters<br>#include &quot;ffgmx.itp&quot;<br>#include &quot;lipid.itp&quot;<br>#include &quot;popc.itp<br>
<br><br>17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; HISH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.28&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.0067&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.72<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; HISH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.28&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; HISH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.019&nbsp;&nbsp; ; qtot 1<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; HISH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.027&nbsp;&nbsp; ; qtot 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; HISH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.05&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.95<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; HISH&nbsp;&nbsp;&nbsp; ND1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.38&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.0067&nbsp;&nbsp; ; qtot 1.33<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; HISH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HD1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 1.63<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CR1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; HISH&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.019&nbsp;&nbsp; ; qtot 1.63<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CR1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; HISH&nbsp;&nbsp;&nbsp; CE1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.019&nbsp;&nbsp; ; qtot 1.39<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; HISH&nbsp;&nbsp;&nbsp; NE2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.31&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.0067&nbsp;&nbsp; ; qtot 1.7<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; HISH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HE2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; HISH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.38&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 2.38<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; HISH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.38&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; ; qtot 2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; HISH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.28&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.0067&nbsp;&nbsp; ; qtot 1.72<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 31&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; HISH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.28&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 2<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; HISH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.019&nbsp;&nbsp; ; qtot 2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; HISH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.027&nbsp;&nbsp; ; qtot 2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; HISH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.05&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 1.95<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 35&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; HISH&nbsp;&nbsp;&nbsp; ND1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.38&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.0067&nbsp;&nbsp; ; qtot 2.33<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; HISH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HD1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 2.63<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 37&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CR1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; HISH&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.019&nbsp;&nbsp; ; qtot 2.63<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 38&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CR1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; HISH&nbsp;&nbsp;&nbsp; CE1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.019&nbsp;&nbsp; ; qtot 2.39<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 39&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; HISH&nbsp;&nbsp;&nbsp; NE2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.31&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.0067&nbsp;&nbsp; ; qtot 2.7<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; HISH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HE2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 3<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; HISH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.38&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 3.38<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 42&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; HISH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.38&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; ; qtot 3<br><br>366&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41&nbsp;&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; 160&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.28&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.0067&nbsp;&nbsp; ; qtot 2.72<br>
&nbsp;&nbsp; 367&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41&nbsp;&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 160&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.28&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 3<br>&nbsp;&nbsp; 368&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41&nbsp;&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; 161&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.019&nbsp;&nbsp; ; qtot 3<br>&nbsp;&nbsp; 369&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41&nbsp;&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; 161&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.027&nbsp;&nbsp; ; qtot 3<br>
&nbsp;&nbsp; 370&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41&nbsp;&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp;&nbsp; 161&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 3<br>&nbsp;&nbsp; 371&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41&nbsp;&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 162&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 2.9<br>&nbsp;&nbsp; 372&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41&nbsp;&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp; HD1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 162&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 3<br>
&nbsp;&nbsp; 373&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41&nbsp;&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 163&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 2.9<br>&nbsp;&nbsp; 374&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41&nbsp;&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp; HD2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 163&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 3<br>&nbsp;&nbsp; 375&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41&nbsp;&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp; CE1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 164&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 2.9<br>
&nbsp;&nbsp; 376&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41&nbsp;&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp; HE1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 164&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 3<br>&nbsp;&nbsp; 377&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41&nbsp;&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp; CE2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 165&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 2.9<br>&nbsp;&nbsp; 378&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41&nbsp;&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp; HE2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 165&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 3<br>
&nbsp;&nbsp; 379&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41&nbsp;&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CZ&nbsp;&nbsp;&nbsp; 166&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 2.9<br>&nbsp;&nbsp; 380&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41&nbsp;&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HZ&nbsp;&nbsp;&nbsp; 166&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 3<br>&nbsp;&nbsp; 381&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41&nbsp;&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; 167&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.38&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 3.38<br>
&nbsp;&nbsp; 382&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41&nbsp;&nbsp;&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp; 167&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.38&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; ; qtot 3<br><br>; Include Position restraint file<br>#ifdef POSRES<br>#include &quot;posre.itp&quot;<br>#endif<br><br>; Include water topology<br>#include &quot;spc.itp&quot;<br>
<br>#ifdef POSRES_WATER<br>; Position restraint for each water oxygen<br>[ position_restraints ]<br>;&nbsp; i funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcz<br>&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000<br>#endif<br><br>; Include generic topology for ions<br>
#include &quot;ions.itp&quot;<br><br>[ system ]<br>; Name<br>protein in popc in water<br><br>[ molecules ]<br>; Compound&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #mols<br>Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>POPC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 98<br>CL-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>
SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2457<br>Thanks in advance.<br>