Hi All,<br><br>I am trying to do umbrella sampling and I am getting very strange PDO output. The PDO out put does not correspond to the distances between groups. Below is my pdo output my mdp and ppa info and log file info showing the distances. I compared the values with output from g_dist just to verify. I also tried these run using 3.3.1(windows) and 3.3.2(unix) and got the same results. Any ideas?<br>
<br>Thanks,<br><br>Ilya<br><br><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">LOG:</span><br>REFERENCE TYPE: center of mass of reference group<br>Looking for group AMM1: found group AMM1: 5 elements. First: 110535<br>Looking for group AMM2: found group AMM2: 5 elements. First: 110540<br>
Looking for group AMM3: found group AMM3: 5 elements. First: 110545<br>Looking for group Backbone: found group Backbone: 3159 elements. First: 1<br>Initializing pull groups. Inv. mass of group 1: 0.055436<br>Initial coordinates center of mass:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.051&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.855&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.049<br>
Initializing pull groups. Inv. mass of group 2: 0.055436<br>Initial coordinates center of mass:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.770&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.254&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.102<br>Initializing pull groups. Inv. mass of group 3: 0.055436<br>Initial coordinates center of mass:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.992&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.042&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.153<br>
Initializing reference group. Inv. mass: 0.000025<br>Initial coordinates center of mass:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.768&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.669&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.128<br><span style="background-color: rgb(255, 255, 51);">Initial distance of group 1:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.079</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 51);">
<span style="background-color: rgb(255, 255, 51);">Initial distance of group 2:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.026</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 51);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 51);">Initial distance of group 3:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.025</span><br>
<br><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">PDO:</span><br><br># UMBRELLA&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.0<br># Component selection: 0 0 1<br># nSkip 10<br># Ref. Group &#39;Backbone&#39;<br># Nr. of pull groups 3<br># Group 1 &#39;AMM1&#39;&nbsp; Umb. Pos. 1.000000&nbsp; Umb. Cons. 3000.000000<br>
# Group 2 &#39;AMM2&#39;&nbsp; Umb. Pos. 1.000000&nbsp; Umb. Cons. 3000.000000<br># Group 3 &#39;AMM3&#39;&nbsp; Umb. Pos. 1.000000&nbsp; Umb. Cons. 3000.000000<br>#####<br>0.000000&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.079179&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.025911&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.974844<br>0.020000&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.044042&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.982954&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.939136<br>
0.040000&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.958650&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.880464&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.881684<br>0.060000&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.900585&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.736330&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.794391<br>0.080000&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.836541&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.572538&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.687577<br>0.100000&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.747026&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.457461&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.573687<br>0.120000&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.643660&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.390060&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.541646<br>
0.140000&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.616448&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.321599&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.549098<br>0.160000&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.563586&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.251571&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.546965<br>0.180000&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.491574&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.176946&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.526960<br>0.200000&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.474667&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.097256&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.487377<br><br><br><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">MDP:</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);">
<br>; VARIOUS PREPROCESSING OPTIONS<br>title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = <br>; Preprocessor - specify a full path if necessary.<br>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = \\winsc\mvs8\VC\bin\AMD64\CL /EP <br>include&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = <br>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = <br>
<br>; RUN CONTROL PARAMETERS<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = md<br>; Start time and timestep in ps<br>tinit&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = .002<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<br>; For exact run continuation or redoing part of a run<br>
init_step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>; mode for center of mass motion removal<br>comm-mode&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Linear<br>; number of steps for center of mass motion removal<br>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>; group(s) for center of mass motion removal<br>
comm-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = <br><br>; OUTPUT CONTROL OPTIONS<br>; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f)<br>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
<br>; Output frequency for energies to log file and energy file<br>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<br>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<br>; Output frequency and precision for xtc file<br>nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>xtc-precision&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<br>
<br>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>; ns algorithm (simple or grid)<br>ns-type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Grid<br>; Periodic boundary conditions: xyz (default), no (vacuum)<br>; or full (infinite systems only)<br>pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz<br>
; nblist cut-off&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.2<br>domain-decomposition&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<br><br>; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW<br>; Method for doing electrostatics<br>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = pme<br>rcoulomb-switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.2<br>; Relative dielectric constant for the medium and the reaction field<br>epsilon_r&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>epsilon_rf&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>; Method for doing Van der Waals<br>vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = switch<br>
; cut-off lengths&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>rvdw-switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.8<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.9<br>; Apply long range dispersion corrections for Energy and Pressure<br>dispcorr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = EnerPres<br><br>; OPTIONS FOR WEAK COUPLING ALGORITHMS<br>
; Temperature coupling&nbsp; <br>tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = nose-hoover<br>; Groups to couple separately<br>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = System<br>; Time constant (ps) and reference temperature (K)<br>tau-t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>
ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 298<br>; Pressure coupling&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Parrinello-Rahman<br>Pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = semiisotropic<br>; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar)<br>
tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0&nbsp; 1.0<br>compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4.5e-5 4.5e-5<br>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.01&nbsp; 1.01<br><br>; GENERATE VELOCITIES FOR STARTUP RUN<br>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<br>gen-temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 298<br>
gen-seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -1<br><br>; OPTIONS FOR BONDS&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = all-bonds<br><br><span style="background-color: rgb(255, 255, 51);">PPA:</span><br><br>;<br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp; File &#39;NeRh50_PMF_0.04.ppa&#39; was generated<br>
;&nbsp;&nbsp;&nbsp; By user: onbekend (0)<br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp; On host: onbekend<br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp; At date: Tue Jan 29 21:18:47 2008<br>;<br>; GENERAL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>verbose&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<br>Skip steps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>; Runtype: afm, constraint, umbrella<br>
runtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = umbrella<br>; Number of pull groups <br>ngroups&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 3<br>; Groups to be pulled&nbsp;&nbsp; <br>group_1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = AMM1<br>group_2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = AMM2<br>group_3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = AMM3<br>
; The group for the reaction force.<br>reference_group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Backbone<br>; Weights for all atoms in each group (default all 1)<br>weights_1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = <br>weights_2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = <br>weights_3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = <br>
reference_weights&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = <br>; Ref. type: com, com_t0, dynamic, dynamic_t0<br>reftype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = com<br>; Use running average for reflag steps for com calculation<br>reflag&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>; Select components for the pull vector. default: Y Y Y<br>
pulldim&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = N N Y<br>; DYNAMIC REFERENCE GROUP OPTIONS<br>; Cylinder radius for dynamic reaction force groups (nm)<br>r&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>; Switch from r to rc in case of dynamic reaction force<br>
rc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>; Update frequency for dynamic reference groups (steps)<br>update&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br><br>; CONSTRAINT RUN OPTIONS<br>; Direction, default: 0 0 0, no direction<br>constraint_direction&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0 0.0 0.0<br>
; Constraint distance (nm), default: 0, use starting distance<br>constraint_distance1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>constraint_distance2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>constraint_distance3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>; Rate of chance of the constraint length, in nm/ps<br>constraint_rate1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
constraint_rate2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>constraint_rate3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>; Tolerance of constraints, in nm<br>constraint_tolerance&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1e-06<br><br>; AFM OPTIONS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>; Pull rates in nm/ps&nbsp;&nbsp; <br>afm_rate1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = .000<br>
afm_rate2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = .000<br>afm_rate3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = .000<br>; Force constants in kJ/(mol*nm^2)<br>afm_k1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0<br>afm_k2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0<br>afm_k3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0<br>; Directions&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
afm_dir1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0 0.0 0.0<br>afm_dir2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0 0.0 0.0<br>afm_dir3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0 0.0 0.0<br>; Initial spring positions<br>afm_init1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0 0.0 0.0<br>afm_init2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0 0.0 0.0<br>
afm_init3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0 0.0 0.0<br><br>; UMBRELLA SAMPLING OPTIONS<br>; Force constants for umbrella sampling in kJ/(mol*nm^2)<br>; Centers of umbrella potentials with respect to reference:<br>; Ref - Pull.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
k1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 3000<br>pos1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0 0.0 1.0 <br>K2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 3000<br>pos2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0 0.0 1.0 <br>K3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 3000<br>pos3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0 0.0 1.0<br>
<br><br><br clear="all"><br>-- <br>Ilya Chorny Ph.D.<br>