<font face="Arial, Helvetica, sans-serif">Hello All,<br>
I am trying to find interaction energy between 10 groups in a protein of 298 amino acids from a simulation run of 100ps.<br>
So I am expecting a 10x10 interaction energy matrix.<br>
I read the manual and found that g_enemat can generate this energy matrix.<br>
I defined the groups in the index (.ndx) file and rerun the simulation.<br>
Using the .edr in g_enemat and defining the proper groups in groups.dat I got an output like this as .xvg<br>
-----------------------------------<br>
@&nbsp;&nbsp;&nbsp; title "Mean Energy"<br>
@&nbsp;&nbsp;&nbsp; xaxis&nbsp; label "Residue"<br>
@&nbsp;&nbsp;&nbsp; yaxis&nbsp; label "kJ/mol"<br>
@TYPE xy<br>
@ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85<br>
@ legend on<br>
@ legend box on<br>
@ legend loctype view<br>
@ legend 0.78, 0.8<br>
@ legend length 2<br>
@ legend string 0 "Coul-SR"<br>
@ legend string 1 "LJ-SR"<br>
@ legend string 2 "total"<br>
@ legend string 3 "Free"<br>
@ legend string 4 "Diff"<br>
@TYPE xy<br>
#grp&nbsp;&nbsp; Coul-SR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-SR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; total&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Free&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Diff<br>
&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; -6.9294&nbsp;&nbsp; -12.707&nbsp;&nbsp; -19.636&nbsp;&nbsp; -14.055<br>
&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; -34.064&nbsp;&nbsp; -22.729&nbsp;&nbsp; -56.794&nbsp;&nbsp; -56.898<br>
&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; -22.528&nbsp;&nbsp;&nbsp; -34.38&nbsp;&nbsp; -56.908&nbsp;&nbsp; -51.713<br>
&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40.298&nbsp;&nbsp; -26.874&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.424&nbsp;&nbsp;&nbsp; 114.34<br>
&nbsp; 5&nbsp;&nbsp; -17.484&nbsp;&nbsp; -24.832&nbsp;&nbsp; -42.316&nbsp;&nbsp;&nbsp; -41.51<br>
&nbsp; 6&nbsp;&nbsp; -13.843&nbsp;&nbsp; -25.177&nbsp;&nbsp;&nbsp; -39.02&nbsp;&nbsp; -37.736<br>
&nbsp; 7&nbsp;&nbsp; -23.752&nbsp;&nbsp; -19.644&nbsp;&nbsp; -43.396&nbsp;&nbsp; -41.401<br>
&nbsp; 8&nbsp;&nbsp; -31.425&nbsp;&nbsp; -26.352&nbsp;&nbsp; -57.777&nbsp;&nbsp;&nbsp; -60.25<br>
&nbsp; 9&nbsp;&nbsp; -16.107&nbsp;&nbsp; -19.686&nbsp;&nbsp; -35.794&nbsp;&nbsp; -24.935<br>
&nbsp;10&nbsp;&nbsp; -26.014&nbsp;&nbsp; -19.543&nbsp;&nbsp; -45.558&nbsp;&nbsp; -44.216<br>
<br>
---------------------------------------------------------------<br>
Is this the matrix that g_energy promised ? Because I was expecting something like a 10x10 residue pairwise interaction energy. Can g_enemat program generate it ?<br>
<br>
Thanks in advance<br>
Vijay<br>
</font><div class="AOLPromoFooter">
<hr style="margin-top:10px;" />
You are invited to Get a Free AOL Email ID. <a href="http://webmail.aol.in" target="_blank">Click here.</a><br />
</div>