<meta http-equiv="CONTENT-TYPE" content="text/html; charset=utf-8"><title></title><meta name="GENERATOR" content="OpenOffice.org 2.2  (Linux)"><meta name="AUTHOR" content="kia"><meta name="CREATED" content="20080229;10374900"><meta name="CHANGED" content="16010101;0">
        
        
        
        
        
        <style type="text/css">
        &lt;!--
                @page { size: 21cm 29.7cm; margin: 2cm }
                P { margin-bottom: 0.21cm }
        --&gt;
        </style>

<p style="margin-bottom: 0cm; font-family: arial,helvetica,sans-serif;">Dear Gromacs users,
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm; font-family: arial,helvetica,sans-serif;">
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm; font-family: arial,helvetica,sans-serif;">I&#39;d like to perform a simulation
following the protocol applied in the Ivanov&#39;s paper (<b>Molecular
dynamics simulation of the P2Y14 receptor. Ligand docking and
identification of a putative binding site of the distal hexose
moiety.</b> <i>Bioorg. Med Chem Lett.</i> 2007;17(3):761-6. ).
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm; font-family: arial,helvetica,sans-serif;">
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm; font-family: arial,helvetica,sans-serif;">
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm; font-family: arial,helvetica,sans-serif;">In particular, I refer to some topic
details reported here:
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm; font-family: arial,helvetica,sans-serif;">
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm; font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><i>...The MD simulation was performed
using [...] CHARMM 32a216 [...] 15 attempts to generate a MD
trajectory without applying nuclear Overhauser enhancement (NOE)
restraints led to a loss of the secondary structure of TM7. For this
reason the first 5 ns of the MD were performed with the NOE
restraints applied for the distances between the backbone carbonyl
oxygen atom of the residue n and the backbone NH-group of the residue
n+4 of TM7[...]The restraints were applied to all the residues, with
the exception of the prolines and residues immediately following
[...]That constraint preserved the helical structure of TM7, which
remained stable after removing the NOE restraints. [...] After 5 ns
the MD simulation was continued without any restraints...</i>
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm; font-family: arial,helvetica,sans-serif;">
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm; font-family: arial,helvetica,sans-serif;">How can I do it with Gromacs? 
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm; font-family: arial,helvetica,sans-serif;">I suppose that I also could manually
provide classical distance restraints, defining arbitrary Hbond
cutoffs instead of NOE distance restraints, but a such alternative
sounds less elegant to me.
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm; font-family: arial,helvetica,sans-serif;">
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;"><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">Any suggestion will be greatly
appreciated!</span>
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;">
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm; font-family: arial,helvetica,sans-serif;">Thanks in advance,
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm; font-family: arial,helvetica,sans-serif;">
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;"><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">Chiara</span>
</p>