Hi gmx users, <br>I am doing Protein in water prodcution run , my system is fine till 500ps run, after that when I gave another 250 ps run, job was stopped and shown following error<br><br>Step 28019, time 56.038 (ps)&nbsp; LINCS WARNING<br>
relative constraint deviation after LINCS:<br>max 0.000017 (between atoms 203 and 204) rms 0.000002<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br>&nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, constraint length<br><br>t = 56.038 ps: Water molecule starting at atom 20857 can not be settled.<br>
Check for bad contacts and/or reduce the timestep.Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>Large VCM(group rest):&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.84782,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.78497,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.69071, ekin-cm:&nbsp; 5.76677e+05<br><br>Step 28020&nbsp; Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 1.35376 1.35376 1.35376<br>
<br>Step 28020, time 56.04 (ps)&nbsp; LINCS WARNING<br>relative constraint deviation after LINCS:<br>max 1.486033 (between atoms 56 and 57) rms 0.204923<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br>&nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, constraint length<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.1297&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp; 64.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp; 31.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp; 51.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30&nbsp;&nbsp; 30.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 42&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.1104&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 47&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 48&nbsp;&nbsp; 30.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.1015&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 47&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 49&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.1448&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 52&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 53&nbsp;&nbsp; 81.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 56&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 57&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.2486&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 61&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 62&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.1019&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 90&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 91&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.1019&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 446&nbsp;&nbsp;&nbsp; 447&nbsp;&nbsp; 33.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1080&nbsp;&nbsp; 0.1080&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1080<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 448&nbsp;&nbsp;&nbsp; 449&nbsp;&nbsp; 50.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1080&nbsp;&nbsp; 0.1080&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1080<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 452&nbsp;&nbsp;&nbsp; 453&nbsp;&nbsp; 38.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1080&nbsp;&nbsp; 0.1080&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1080<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 454&nbsp;&nbsp;&nbsp; 455&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1080&nbsp;&nbsp; 0.1546&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1080<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 470&nbsp;&nbsp;&nbsp; 471&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.1070&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 478&nbsp;&nbsp;&nbsp; 479&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.1894&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 486&nbsp;&nbsp;&nbsp; 487&nbsp;&nbsp; 35.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 491&nbsp;&nbsp;&nbsp; 492&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.1350&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 498&nbsp;&nbsp;&nbsp; 499&nbsp;&nbsp; 31.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 509&nbsp;&nbsp;&nbsp; 510&nbsp;&nbsp; 83.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 535&nbsp;&nbsp;&nbsp; 536&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.1610&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 541&nbsp;&nbsp;&nbsp; 542&nbsp;&nbsp; 75.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.1030&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 541&nbsp;&nbsp;&nbsp; 543&nbsp;&nbsp; 90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.1890&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>Constraint error in algorithm Lincs at step 28020<br>t = 56.040 ps: Water molecule starting at atom 20800 can not be settled.<br>Check for bad contacts and/or reduce the timestep.Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>
Large VCM(group Protein):&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.02381,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.00400,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.02590, ekin-cm:&nbsp; 4.04275e+00<br>Large VCM(group rest): -679173760.00000, -911115136.00000, 14881016.00000, ekin-cm:&nbsp; 7.87449e+22Large VCM(group Protein):&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.02381,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.00400,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.02590, ekin-cm:&nbsp; 4.04275e+00<br>
Large VCM(group rest): -679173760.00000, -911115136.00000, 14881016.00000, ekin-cm:&nbsp; 7.87449e+22<br><br>&nbsp;I am pasting my md.mdp file <br><br>title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; dpt_prod<br>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; hbonds<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; md<br>
dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; ps !<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 125000&nbsp;&nbsp; ; total 250 ps.<br>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1<br>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100<br>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100<br>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100<br>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10<br>
ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<br>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; PME<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.4<br>pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; xyz<br>comm_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Protein<br>; Berendsen temperature coupling is on in two groups<br>
Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Berendsen<br>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Protein&nbsp;&nbsp; SOL_Na<br>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1<br>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 300<br>; isotropic pressure coupling is now on<br>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Berendsen<br>
pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; isotropic<br>tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<br>compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4.5e-5<br>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<br>; Energy monitoring<br>energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Protein&nbsp; SOL_Na<br>; Generate velocites is off at 300 K.<br>
gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no<br>gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 300<br>gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 173529<br><br>Pls help me , <br><br>Thanks in advance.......<br>