<P>
&nbsp; <BR>
Dear list,<BR>
<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; I ran EM (energy minimisation) of TIP5P water model using gromacs/3.3.2 version. My output says : Steepest Descents converged to Fmax &lt; 100 in 427 steps. Moreover, my output.gro file looks ok after the run. But in the directory, there were some files (8), called step.pdb, generated. <BR>
<BR>
<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; But, it is said, actually simulation crashed, that is why these files are being generated ( Thread 2004 January). But in my case, if the program was crashed, then why it ran till 427th step to finish EM to the desired accuracy.<BR>
<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  Furthermore, when I inspected the output file, I found the following similar messages on 8 occasions&nbsp; : &quot;t = 0.023 ps: Water molecule starting at atom 356 can not be settled. Check for bad contacts and/or reduce the timestep.Wrote pdb files with previous and current coordinates&quot;.<BR>
<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  I constructed the water box using packmol program. If I want to avoid these error messages, What should I do?<BR>
<BR>
<BR>
thanks in advance,<BR>
Jestin<BR>

</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><img src ='http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/2031830_2024620/creative_2031710.gif'  alt='Jeevan Sathi'  border=0></td></TR></Table>