Thank's Diego,<br>I'm grateful to you. I have only one question. How can I&nbsp; configure  mpi/lam for relaize the comunication between nodes?<br>I have created an hostsfile with my ip addresses.<br>Thank's a lot in advance.<br><br>Mario<br><br><b><i>Diego Enry &lt;diego.enry@gmail.com&gt;</i></b> ha scritto:<blockquote class="replbq" style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"> Since you didn't show us the problems you met.. try following this:<br><br>#1) Download essential packages<br>#1.1) mpich<br>wget http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/downloads/tarballs/mpich2-1.0.6p1.tar.gz<br><br>#1.2) fftw<br>wget ftp://ftp.fftw.org/pub/fftw/fftw-3.1.2.tar.gz<br><br>#1.3) gromacs<br>wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-3.3.2.tar.gz<br><br><br>#2) compile packages:<br><br>#2.1)  mpich<br>tar xvfz mpich2-1.0.6p1.tar.gz<br>cd mpich2-1.0.6p1<br>make distclean<br>./configure --with-device=ch3:nemesis --enable-fast
 --disable-cxx<br>--enable-error-checking=no CFLAGS=-O3 FFLAGS=-O3<br>make<br>make install<br>make distclean<br>cd ..<br><br>#2.2)  fftw single<br>tar xvfz fftw-3.1.2.tar.gz<br>cd fftw-3.1.2<br>make distclean<br>./configure --enable-float --enable-sse --enable-threads<br>make<br>make install<br>make distclean<br>cd ..<br><br>#2.3) gromacs single<br>tar xvfz gromacs-3.3.2.tar.gz<br>cd gromacs-3.3.2<br>./configure --enable-mpi --program-suffix=_mpi --prefix=/usr/local/gromacs332<br>make<br>make install<br>make links<br>make distclean<br>cd ..<br><br>#2.4)  fftw double<br>cd fftw-3.1.2<br>./configure --enable-sse2 --enable-threads<br>make<br>make install<br>make distclean<br>cd ..<br><br>#2.2) gromacs double<br>cd gromacs-3.3.2<br>./configure --enable-mpi --program-suffix=_mpi_d<br>--prefix=/usr/local/gromacs332 --enable-double<br>make<br>make install<br>make links<br>make distclean<br>cd ..<br><br><br><br>On Mon, Mar 3, 2008 at 3:09 PM, mario ciappy <mariociap@yahoo.it>
 wrote:<br>&gt; Dear all,<br>&gt; I'm tried to configure gromacs in parallel but I have meet some problems.<br>&gt; I don't understand if the problems are relative to mpi or gromacs<br>&gt; configuration. For this reason I'd be grateful if you explained a detailed<br>&gt; installation procedure of all that require to run gromacs in parallel,<br>&gt; started by mpi/lam configuration. I now that is an hard and demanding<br>&gt; request, but it is a big help for me because you are only resource.<br>&gt;<br>&gt; Thank's in advance<br>&gt;<br>&gt; Mario<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;  ________________________________<br>&gt; ________________________________<br>&gt;<br>&gt; L'email della prossima generazione? Puoi averla con la nuova Yahoo! Mail<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt;  gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt;  http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt;  Please search the archive at http://www.gromacs.org/search
 before posting!<br>&gt;  Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt;  www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt;  Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt;<br><br><br><br>-- <br>Diego Enry B. Gomes<br>Laboratório de Modelagem e Dinamica Molecular<br>Universidade Federal do Rio de Janeiro - Brasil.<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br></mariociap@yahoo.it></blockquote><br><p>&#32;



      <hr size=1><font face="Arial" size="2"><hr size=1><font face="Arial" size="2">L'email della prossima generazione? Puoi averla con la <a href="http://us.rd.yahoo.com/mail/it/taglines/hotmail/nowyoucan/nextgen/*http://it.docs.yahoo.com/nowyoucan.html">nuova Yahoo! Mail</a></font>