Hi gmx users, <br>I inserted my protein into Popc Bilayer . EM is fine,&nbsp; when I do equilibration the water molecules from oneside of bilayer moving to other side, it looks undistribution of water , but total sturucture in cubic form. can you give me detailed information regarding this problem<br>
is it due to pressure coupling?<br><br>; Berendsen temperature coupling is on in two groups<br>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Berendsen<br>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; POPC&nbsp;&nbsp; Protein&nbsp;&nbsp; SOL_Cl<br>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1<br>
ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 310&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 310&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 310<br>; Anisotropic pressure coupling is on<br>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; berendsen<br>pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; anisotropic<br>tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 2.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.0&nbsp;&nbsp; 2.0<br>
compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4.5e-5&nbsp;&nbsp; 4.5e-5&nbsp; 4.5e-5&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>&nbsp;pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz<br><br><br>Thanks in advance........<br>