Hi<br><br>I have a done number of MD simulations of a two domain
protein with different ligands and also in the apo state. Comparing
these simulations I see varying degrees of domain rotation of the one
domain relative to the other which I want to quantitatively measure and
I was thinking of using DynDom to do this; I have already assessed a
number of structures taken from different points throughout the
simulations but want a to assess the motion throughout the simulations.<br>
>From the user lists I read that I should do ED analysis first. Is
this using g_covar and then g_anaeig or using make_edi and then doing
ED in mdrun and then assessing these results? <br>Also
as the motion appears to be the C-terminal domain relative to the
N-terminal domain when using g_covar should I fit over the N-terminal
domain backbone but do the analysis over the whole backbone, or just
fit over the whole backbone? Also in g_covar is it better for this type of problem to use the -ref option and assess the deviation from the conformation in the structure file instead of from the average?<br>I would appreciate some guidance as
although I&#39;ve read some papers on this subject I am a bit confused as
to what is the best way to progress.<br>
<br>Many thanks,<br><br>Jo.