Hi,&nbsp; all<br><br>My purpose is to get the binding energy by gromacs.<br>I tried to minimize protein-protein docking decoy by using gromacs without water. But after being minimized, the ligand ran away from receptor. <br><br>
That&#39;s not what I expected . I just want to relax the protein-protein interface due to some atom-atom contact crash .<br><br>By the way, I found the net charge is not zero after adding H atoms on complex by pdb2gmx.&nbsp; Can I solve the non-zero net charge problem by adding H atom on receptor and ligand <br>
<br>separately?<br>
 <br><br>Any tip is appreciated.<br><br>Best <br><br>shiyong<br>