Hi,<br><br>I used a script given below for energy minimization of&nbsp; a native protein-protein complex 1akj.<br><br>I removed HETATMs and water molecules from the structure, and the minimized structure&nbsp; (1akj_oplsaa.minim_traj.pdb) with epsilon_r=80.<br>
Then I used rasmol to check the result.&nbsp; The ligand is ran away from receptor.<br>&nbsp;rasmol 1akj_oplsaa.minim_traj.pdb<br><br><br>Then I tried the larger epsilon_r&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 800000.0, and got very similar result. I mean that for two substantially different values of the epsilon_r minimization gives absolutely the same final positions of the ligand.<br>
<br>I also tried difference forcefield encads, encadv, G43a1, G43a2, G43b1, G45a3, G53a5, G53a6,&nbsp; gmx, oplsaa.<br>I also got similar result.<br><br><br>script: <br><br>pdb2gmx&nbsp;&nbsp; -ff oplsaa -f 1akj_oplsaa.pdb -p 1akj_oplsaa.top -o 1akj_oplsaa.gro -i 1akj_oplsaa.itp &gt; 1akj_oplsaa.<br>
output.pdb2gmx 2&gt;&amp;1 &amp;<br><br>grompp -f em.mdp -c 1akj_oplsaa.gro -p 1akj_oplsaa.top -o 1akj_oplsaa.input.tpr &gt; 1akj_oplsaa.output.grompp<br>2&gt;&amp;1 &amp;<br><br>mdrun -nice 0 -v -s 1akj_oplsaa.input.tpr -o 1akj_oplsaa.minim_traj.trr -c 1akj_oplsaa.minimized.gro -e<br>
1akj_oplsaa.<br><br>minim_ener.edr &gt; 1akj_oplsaa.output.mdrun 2&gt;&amp;1 &amp;<br><br>&nbsp;trjconv&nbsp; -f 1akj_oplsaa.minim_traj.trr -s 1akj_oplsaa.input.tpr -o 1akj_oplsaa.minim_traj.pdb &lt;&lt; HHH<br>2<br>2<br>HHH<br><br>
<br>em.mdp is :<br><br>title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1akj_oplsaa<br>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; /usr/bin/cpp<br>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; -DFLEX_SPC<br>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; none<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; steep<br>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; ps !<br>
nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100<br>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10<br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<br>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; cut-off<br>epsilon_r&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 80.0<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.8<br>vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; cut-off<br>
rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.8<br>;<br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Energy minimizing stuff<br>;<br>emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10.0<br>emstep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.01<br><br><br><br><br clear="all"><br>-- <br>Shiyong Liu<br>Research Assistant<br>center for bioinformatics in the university of kansas<br>
Lab: (785)864-1962<br>Email: <a href="mailto:syliu@ku.edu">syliu@ku.edu</a> (<a href="mailto:shiyongliu@ku.edu">shiyongliu@ku.edu</a> or <a href="mailto:liushiyong@ku.edu">liushiyong@ku.edu</a>)<br>Homepage: <a href="http://www.people.ku.edu/~syliu">http://www.people.ku.edu/~syliu</a><br>
Lab: <a href="http://vakser.bioinformatics.ku.edu/people">http://vakser.bioinformatics.ku.edu/people</a><br>Phone:        (785) 864-1962