Dear gromacs experts,<br>I have run the energy minimization of a protein.With the tail command it shows the following results:<br>ahmad@uop:~/protein&gt; tail -15 md.log<br>&nbsp;<span style="font-weight: bold;">NS-Pairs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 94.365846&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1981.682766&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20.0</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;Reset In Box&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.569385&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.124465&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;Shift-X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 0.569310&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.415860&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;CG-CoM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.190785&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.532765&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;Bonds&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.394530&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16.964790&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight:
 bold;">&nbsp;Angles&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.253320&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41.291160&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;Propers&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.009855&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.256795&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;RB-Dihedrals&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.086835&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21.448245&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight:
 bold;">-----------------------------------------------------------------------</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;Total&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9893.632954&nbsp;&nbsp; 100.0</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">-----------------------------------------------------------------------</span><br style="font-weight: bold;"><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NODE (s)&nbsp;&nbsp; Real (s)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (%)</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 15.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 100.0</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">Finished mdrun on node 0 Wed Mar 12 12:50:59 2008</span><br>I have check the em.log file, which shows the following data:<br><br><span style="font-weight: bold;">Steepest Descents converged to machine precision in 15 steps,</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">but did not reach the requested Fmax &lt; 1000.</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">Potential Energy&nbsp; = -1.9742134e+21</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">Maximum force&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4.1648520e+06 on atom 1934</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">Norm of force&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 5.6557945e+06</span><br>Is the energy minimization finished or not? when I use the top command the values fluctuates.As there any specific value
 or notation below the <span style="font-weight: bold;">command </span>name from which I know that energy minimization is running or finished.As in amber software the word sander is written below the command when check with "top ".Here X is written.<br>Regards,<br>Lal badshah.<br><p>&#32;Send instant messages to your online friends http://uk.messenger.yahoo.com