<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
FONT-SIZE: 10pt;
FONT-FAMILY:Tahoma
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'><div style="text-align: left;">Hi,<br><br>Did you make your DMSO molecule completely rigid?<br><br>Berk.<br></div><br><hr id="stopSpelling">&gt; Date: Wed, 12 Mar 2008 12:18:08 +0100<br>&gt; From: andreas.frank@ch.tum.de<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: [gmx-users] DMSO G53a6 FF in Gromacs<br>&gt; <br>&gt; Dear Gromacs Users,<br>&gt; <br>&gt; I simulated the preequilibrated box of DMSO that is located in the <br>&gt; Gromacs Force Field Distribution with the G53a6 Gromos FF parameters <br>&gt; (adapted from the Geerke et. al paper in J Phys Chem B, 108 (2004)). <br>&gt; After temperature equilibration I performed a NPT run but in contrast to <br>&gt; the reported density of 1095 kg m-3 I always get values around 1108 kg <br>&gt; m-3. I used berendsen pressure coupling as well as reaction field for <br>&gt; treating long-range interactions with 0.8 / 1.4 cut-offs.<br>&gt; I looked through the  Gromacs archive but couldnt find an answer for <br>&gt; this problem. Has anyone an idea what could be the reason for this result?<br>&gt; <br>&gt; Thanks for any comments!<br>&gt; <br>&gt; Best regards,<br>&gt; <br>&gt; Andreas<br>&gt; -- <br>&gt; <br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
</html>