Hi,<br><br>I generated&nbsp; mdout.mdp <br><br>by &nbsp; grompp -f em.mdp -c ${file}_box.gro -p ${file}.top -o ${file}.input.tpr .<br><br>The pbc in mdout.mdp is like:<br><br clear="all">; Periodic boundary conditions: xyz (default), no (vacuum)<br>
; or full (infinite systems only)<br>pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz<br><br>It seems that grompp doesnot give an option to change the pbc value.<br><br>I didnot find an easy way to change the pbc value . The only way I found is to&nbsp; edit the mdout.mdp directly.<br>
<br>Best<br><br>-- <br>Shiyong Liu<br>Research Assistant<br>center for bioinformatics in the university of kansas<br>Lab: (785)864-1962<br>Email: <a href="mailto:syliu@ku.edu">syliu@ku.edu</a> (<a href="mailto:shiyongliu@ku.edu">shiyongliu@ku.edu</a> or <a href="mailto:liushiyong@ku.edu">liushiyong@ku.edu</a>)<br>
Homepage: <a href="http://www.people.ku.edu/~syliu">http://www.people.ku.edu/~syliu</a><br>Lab: <a href="http://vakser.bioinformatics.ku.edu/people">http://vakser.bioinformatics.ku.edu/people</a><br>Phone:        (785) 864-1962