Thanks for your reply, <br>Shall I use FF in this way that first protein in water simulaiton use &quot;GROMOS96 43a1 FF&quot; incase of only protein, after inserting protein into POPC bilayer, the&nbsp; GROMOS96 43a1 wont recognise because mixed FF , So can I use ffgmx for protein incase of both systems by using pdb2gmx.<br>