<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif">I recommend the GROMACS manual.&nbsp; Particularly chapter 5.</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif">Oh, and the wiki - <A href="http://wiki.gromacs.org/index.php/Category:Tutorials">http://wiki.gromacs.org/index.php/Category:Tutorials</A><BR><BR></DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif">----- Original Message ----<BR>From: serdar durdagi &lt;durdagis@yahoo.de&gt;<BR>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<BR>Sent: Thursday, March 20, 2008 8:52:15 AM<BR>Subject: Re: [gmx-users] tutorial for membrane-bound systems<BR><BR>
<DIV>Dear Alan,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>You are right a DPPC unit has less than 300 atoms, but I have 189 units. How can I apply PRODRG for 189 different coordinate files to&nbsp;convert to necessary GROMACS coordinate file? It must be very tedious.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I am using ligand-enzyme tutorial for Gromacs. But for membrane-bound case I guess this tutorial is not enough to work.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Best Wishes,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Serdar</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><BR><BR><B><I>Alan Dodd &lt;anoddlad@yahoo.com&gt;</I></B> schrieb:</DIV>
<BLOCKQUOTE class=replbq style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #1010ff 2px solid">
<DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif">
<DIV>Firstly, a molecule of DPPC has less than 300 atoms.</DIV>
<DIV>Secondly, I'd suggest you look for stuff by Tieleman, White, or Sansom.&nbsp; Googling/literature&nbsp;searching&nbsp;any of these names with "membrane" should give you some rough pointers on how it's been done in the past.</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif">There is no official membrane tutorial, however.&nbsp; There is a ligand/receptor one out there somewhere I think?<BR><BR>
<DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif">----- Original Message ----<BR>From: serdar durdagi &lt;durdagis@yahoo.de&gt;<BR>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<BR>Sent: Thursday, March 20, 2008 2:00:49 AM<BR>Subject: [gmx-users] tutorial for membrane-bound systems<BR><BR>
<DIV>Dear all,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I would like to make MD simulations of a drug at the binding site of the receptor sorrounded&nbsp;by DPPC.</DIV>
<DIV>pdb coordinate file of all DPPC units (189 units, 1 unit has 130 atoms)&nbsp;are described seperately. I&nbsp;was using Dundee PRODRG server for generating .itp and drgpoh2.pdb files for the drug. Since this program is limited to convert files up to 300 atoms, I couldn't use it for the DPPC units for constructing a full drgpoh2.pdb file for the DPPC.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Is there any tutorial of GROMACS for this kinds of systems?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Kind Regards,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Serdar Durdagi</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>
<HR SIZE=1>
<A href="http://uk.rd.yahoo.com/evt=51524/*http://de.mobile.yahoo.com/interstitial?refer=e00127" target=_blank rel=nofollow><B>Lesen Sie Ihre E-Mails jetzt einfach von unterwegs.</B></A>. 
<DIV><BR><BR>-----Inline Attachment Follows-----<BR><BR>_______________________________________________<BR>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <A href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target=_blank rel=nofollow ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A><BR><A href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target=_blank rel=nofollow>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>Please search the archive at <A href="http://www.gromacs.org/search" target=_blank rel=nofollow>http://www.gromacs.org/search</A> before posting!<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>www interface or send it to <A href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target=_blank rel=nofollow ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</A>.<BR>Can't post? Read <A href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target=_blank
 rel=nofollow>http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</A></DIV></DIV><BR></DIV></DIV><BR>
<HR SIZE=1>
Never miss a thing. <A href="http://us.rd.yahoo.com/evt=51438/*http://www.yahoo.com/r/hs" target=_blank rel=nofollow>Make Yahoo your homepage.</A>_______________________________________________<BR>gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR><A href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target=_blank>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>Please search the archive at <A href="http://www.gromacs.org/search" target=_blank>http://www.gromacs.org/search</A> before posting!<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>Can't post? Read <A href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target=_blank>http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</A></DIV></BLOCKQUOTE><BR>
<P>
<HR SIZE=1>
<A href="http://uk.rd.yahoo.com/evt=51524/*http://de.mobile.yahoo.com/interstitial?refer=e00127" target=_blank rel=nofollow><B>E-Mails jetzt auf Ihrem Handy.</B></A>.</DIV><!-- kill -->
<DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif"><BR><BR>-----Inline Attachment Follows-----<BR><BR>_______________________________________________<BR>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <A href="mailto:gmx-users@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A><BR><A href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target=_blank>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>Please search the archive at <A href="http://www.gromacs.org/search" target=_blank>http://www.gromacs.org/search</A> before posting!<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>www interface or send it to <A href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</A>.<BR>Can't post? Read <A href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target=_blank>http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</A></DIV><BR>
<DIV></DIV></div><br>

      <hr size=1>Never miss a thing.  <a href="http://us.rd.yahoo.com/evt=51438/*http://www.yahoo.com/r/hs"> Make Yahoo your homepage.</a></body></html>