<div>Dear all,</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>I would like to make MD simulations of a drug at the binding site of the receptor sorrounded&nbsp;by DPPC.</div>  <div>pdb coordinate file of all DPPC units (189 units, 1 unit has 130 atoms)&nbsp;are described seperately. I&nbsp;was using Dundee PRODRG server for generating .itp and drgpoh2.pdb files for the drug. Since this program is limited to convert files up to 300 atoms, I couldn't use it for the DPPC units for constructing a full drgpoh2.pdb file for the DPPC.</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>Is there any tutorial of GROMACS for this kinds of systems?</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>Kind Regards,</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>Serdar Durdagi</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>&nbsp;</div><p>&#32;
      <hr size=1> 
<a href="http://uk.rd.yahoo.com/evt=51524/*http://de.mobile.yahoo.com/interstitial?refer=e00127
" target=_new> 
<b>Lesen Sie Ihre E-Mails jetzt einfach von unterwegs.</b></a>.