<meta http-equiv="CONTENT-TYPE" content="text/html; charset=utf-8"><title></title><meta name="GENERATOR" content="OpenOffice.org 2.2  (Linux)"><meta name="AUTHOR" content="kia"><meta name="CREATED" content="20080321;12351900"><meta name="CHANGED" content="16010101;0">
        
        
        
        
        
        <style type="text/css">
        &lt;!--
                @page { size: 21cm 29.7cm; margin: 2cm }
                P { margin-bottom: 0.21cm }
        --&gt;
        </style>

<p style="margin-bottom: 0cm;">Dear gromacs users,
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;">
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;">I would like to perform&nbsp; simulations of
a protein embedded in popc, using a force field of the gromos
series and I downloaded popc.pdb, popc.itp, lipid.itpa and the force field ffG43a2x extended for lipids.<br>Looking throughout the archive I found
different suggestions, but none of them help me to successfully
perform my simulations:
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;">- Using the ffG43a2x* force field, when I
run pdb2gmx on the popc.pdb, I get this error: 
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;">
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;">Fatal error:
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;">Error in hdb file ffG43a2x.hdb:
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;">Wrong number of control atoms (2 iso 3)
on line:
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;">        1       1       N       -C     
CA
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;">
</p>

<p style="margin-bottom: 0cm;">
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;">- If I manually write a topology file for the ffG43a2x force field and
submit it to grompp to write a .tpr, I get this error:
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;">
</p><p style="margin-bottom: 0cm;">
</p>

<p style="margin-bottom: 0cm;">Fatal error:<br>Atomtype &#39;CA&#39; not found!
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;">
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;">
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;">In the topology file I included both
lipid.itp and popc.itp, and I commented the following lines in the
lipid.itp file as suggested:
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;">
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;">[ defaults ]
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;">1       1
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;">
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;">- I also tried to add the different
sections [ atomtypes ], [ pairtypes ], etc... of the lipid.itp files
to ffG53a5* files, but I still get the error:
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;">
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;">Atomtype &#39;CA&#39; not found!
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;">
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;">Does anybody know what I miss? Is there a way to resolve this problem
and use popc with ffG53a5 or ffG43a2x? <br>
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;">
</p>

<p style="margin-bottom: 0cm;">All comments are very appreciated!<br>Thanks in advance!
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;">
</p>
<p style="margin-bottom: 0cm;">Chiara
</p>