Thanks for your reply,<br>I am mentioning commands, from crashing the simulation <br>1. tpbconv&nbsp; -f&nbsp; protein.trr&nbsp; -s protein.tpr -e protein.edr -n index.ndx -o out.tpr<br>2.mdrun -v -deffnm -o out.tpr<br>3.trjcat -f 633ps_pro.xtc 1ns_pro.xtc -settime -o<br>
&nbsp; it asked time I mentioned&nbsp; 0 and 633, then it shown that 900ps trajectory files wirte into trjout.xtc<br>4.g_rms -f trjout.xtc -s em_wat.gro -pbc -o 1ns_rmsd<br>5. by using this plotted graph it shown values till 900ps on x-axis in gnuplot<br>
is there any way to get 1000ps simulation values?<br>Thanks in advance.<br>&nbsp;<br>