Hi all, <br>My protein contain some missing residues , so I rebuilt missing residues, although gap is there between helices, my idea is when do minimisation these gap should disappear. Later trying to use pdb2gmx with OPLS/aa-L FF for generating gro file for two systems containing protonated and another one is unprotonated. For protonation i used command in this way . while unprotonation didn&#39;t mention those aminoacid residues.<br>
pdb2gmx -f protin.pdb -his -asp -glu -o prot_H.gro -p pro_H.top -i pro_H.itp ,<br>grompp&nbsp; -f&nbsp; .mdp -c&nbsp; .gro -p&nbsp; .top&nbsp; -o&nbsp; out.tpr<br>mdrun -v -deffnm out<br>For both systems EM running fine, but when I opened in VMD, unprotonation&nbsp; protein helices came close means no gap. But in case of protonation it doesn&#39;t happened still gap is there between helices actually it shouldn&#39;t appear after minimisation.<br>
I tried another FF - ff43a1 result gap is disappearing for both systems. <br>If use OPLS any options we have to mention or if we want to use OPLS -ff how to protonate the residues<br>Any comments will be appreciated<br>Thanks in advance<br>