Dear Justin &amp; Mark,<br>Hi ! I am doing equilibration and again the error comes with the following warnings in the pr.log file,<br><br>Step 0, time 0 (ps)&nbsp; LINCS WARNING<br>relative constraint deviation after LINCS:<br>max 224.227219 (between atoms 1932 and 1934) rms 4.182889<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br>&nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, constraint length<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 198&nbsp;&nbsp;&nbsp; 200&nbsp;&nbsp; 49.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1449&nbsp;&nbsp; 0.1615&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1449<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 200&nbsp;&nbsp;&nbsp; 201&nbsp;&nbsp; 90.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090&nbsp;&nbsp; 1.2644&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 200&nbsp;&nbsp;&nbsp; 202&nbsp;&nbsp; 46.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1529&nbsp;&nbsp; 0.1690&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1529<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 200&nbsp;&nbsp;&nbsp; 211&nbsp;&nbsp; 41.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1522&nbsp;&nbsp; 0.1686&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 0.1522<br>................................ and so on<br>Then<br>Constraint error in algorithm Lincs at step 0<br>&nbsp;&nbsp; Energies (kJ/mol)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp; Proper Dih. Ryckaert-Bell.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.55786e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.43449e+01&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.56063e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.34585e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.25360e+04<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (LR)&nbsp;&nbsp; Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp; Coul. recip. Position Rest.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.62155e+05&nbsp;&nbsp; -1.69778e+03&nbsp;&nbsp; -6.01840e+05&nbsp;&nbsp; -1.97421e+21&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.12486e+00<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic En.&nbsp;&nbsp; Total Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature Pressure (bar)<br>&nbsp;&nbsp;
 -1.97421e+21&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.12749e+07&nbsp;&nbsp; -1.97421e+21&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.30857e+05&nbsp;&nbsp; -4.47584e+17<br><br><br>Step 1&nbsp; Warning: pressure scaling more than 1%, mu: -2.6855e+10 -2.6855e+10 -2.6855e+10<br><br>Step 1, time 0.002 (ps)&nbsp; LINCS WARNING<br>relative constraint deviation after LINCS:<br>max 10042.537109 (between atoms 1932 and 1933) rms 189.576416<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br>&nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, constraint length<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 170&nbsp;&nbsp;&nbsp; 172&nbsp;&nbsp; 63.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1335&nbsp;&nbsp; 0.1514&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1335<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 172&nbsp;&nbsp;&nbsp; 173&nbsp;&nbsp; 41.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1449&nbsp;&nbsp; 0.1421&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1449<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 172&nbsp;&nbsp;&nbsp; 181&nbsp;&nbsp; 87.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1449&nbsp;&nbsp; 0.2690&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1449<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 173&nbsp;&nbsp;&nbsp; 174&nbsp;&nbsp; 38.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090&nbsp;&nbsp; 0.1403&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090<br>Then<br>Constraint error in algorithm Lincs at step 1<br>Correcting invalid box:<br>old box (3x3):<br>&nbsp;&nbsp; old box[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0]={-1.94981e+11,&nbsp; 0.00000e+00, -0.00000e+00}<br>&nbsp;&nbsp; old box[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1]={ 0.00000e+00, -1.94981e+11, -0.00000e+00}<br>&nbsp;&nbsp; old box[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2]={ 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00, -1.94981e+11}<br>new box (3x3):<br>&nbsp;&nbsp; new box[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0]={-1.94981e+11,&nbsp; 0.00000e+00, -0.00000e+00}<br>&nbsp;&nbsp; new box[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1]={ 0.00000e+00, -1.94981e+11, -0.00000e+00}<br>&nbsp;&nbsp; new box[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2]={ 0.00000e+00,&nbsp; 1.94981e+11, -1.94981e+11}<br>finaly<br>Fatal error:<br>Box was shifted at least 10 times. Please see log-file<br>Now will I start again from the begining by taking PDB file from RCSB ? or something else. I am
 checking the lincs warning page of gromacs but if you suggest me some correction it will be helpful.<br>Regards,<br>Lal badshah<br><p>&#32;Send instant messages to your online friends http://uk.messenger.yahoo.com