Dear Justin &amp; Mark,<br>Hi! <br>I made changes in my pr.mdp file but still the errors came.Please guide me.<br>title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = pr.mdp<br>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = /usr/bin/cpp<br>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -DPOSRES<br>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = all-bonds<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = md<br>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.002<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100000<br>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 250<br>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<br>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
 10<br>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = PME<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = cut-off<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.4<br>fourierspacing&nbsp; = 0.12<br>fourier_nx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>fourier_ny&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>fourier_nz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4<br>ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1e5<br>optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<br>;Berendsen temperature coupling is on<br>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = berendsen<br>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1 <br>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = protein&nbsp; non-protein<br>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 298&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 298 <br>;Pressure coupling is on<br>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = berendsen<br>tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 20<br>compressibility = 4.5e-5<br>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>;Generate velocities is on at 298 K<br>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<br>gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 298<br>gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 173529<br><br><br><br>Step 0, time 0 (ps)&nbsp; LINCS WARNING<br>relative constraint deviation after LINCS:<br>max 224.227219 (between atoms 1932 and 1934) rms 4.182889<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br>&nbsp;atom 1
 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, constraint length<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 198&nbsp;&nbsp;&nbsp; 200&nbsp;&nbsp; 49.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1449&nbsp;&nbsp; 0.1615&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1449<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 200&nbsp;&nbsp;&nbsp; 201&nbsp;&nbsp; 90.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090&nbsp;&nbsp; 1.2644&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 200&nbsp;&nbsp;&nbsp; 202&nbsp;&nbsp; 46.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1529&nbsp;&nbsp; 0.1690&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1529<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 200&nbsp;&nbsp;&nbsp; 211&nbsp;&nbsp; 41.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1522&nbsp;&nbsp; 0.1686&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1522<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 264&nbsp;&nbsp;&nbsp; 265&nbsp;&nbsp; 70.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1229&nbsp;&nbsp; 0.1349&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1229<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 264&nbsp;&nbsp;&nbsp; 266&nbsp;&nbsp; 47.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1335&nbsp;&nbsp; 0.1443&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1335<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 266&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 267&nbsp;&nbsp; 67.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1010&nbsp;&nbsp; 0.1148&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1010<br>----------------------------------------------------------------------------------<br>step 0Warning: 1-4 interaction between 196 and 201 at distance 1.104 which is larger than the 1-4 table size 1.000 nm<br>These are ignored for the rest of the simulation<br>This usually means your system is exploding,<br>if not, you should increase table-extension in your mdp file<br><br>Step 1&nbsp; Warning: pressure scaling more than 1%, mu: -6.71376e+08 -6.71376e+08 -6.71376e+08<br><br>Step 1, time 0.002 (ps)&nbsp; LINCS WARNING<br>relative constraint deviation after LINCS:<br>max 10623.531250 (between atoms 1932 and 1933) rms 207.528702<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br>&nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, constraint length<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 170&nbsp;&nbsp;&nbsp; 172&nbsp;&nbsp; 63.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1335&nbsp;&nbsp;
 0.1515&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1335<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 172&nbsp;&nbsp;&nbsp; 173&nbsp;&nbsp; 41.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1449&nbsp;&nbsp; 0.1423&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1449<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 172&nbsp;&nbsp;&nbsp; 181&nbsp;&nbsp; 87.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1449&nbsp;&nbsp; 0.2689&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1449<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 173&nbsp;&nbsp;&nbsp; 174&nbsp;&nbsp; 38.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090&nbsp;&nbsp; 0.1402&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 173&nbsp;&nbsp;&nbsp; 184&nbsp;&nbsp; 33.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1522&nbsp;&nbsp; 0.1855&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1522<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 175&nbsp;&nbsp;&nbsp; 178&nbsp;&nbsp; 64.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1529&nbsp;&nbsp; 0.2016&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1529<br>----------------------------------------------------------------------------------------<br>&nbsp;&nbsp; 2565&nbsp;&nbsp; 2576&nbsp;&nbsp; 59.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1522&nbsp;&nbsp;
 0.1316&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1522<br>&nbsp;&nbsp; 2567&nbsp;&nbsp; 2568&nbsp;&nbsp; 38.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090&nbsp;&nbsp; 0.0818&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090<br>-------------------------------------------------------<br>Program mdrun, VERSION 3.3.1<br>Source code file: ns.c, line: 265<br><br>Fatal error:<br>Box was shifted at least 10 times. Please see log-file.<br>-------------------------------------------------------<br><br>Regards,<br>Lal badshah<br><p>&#32;Send instant messages to your online friends http://uk.messenger.yahoo.com