Thanks Mark for guiding me.<br><br><b><i>Mark Abraham &lt;Mark.Abraham@anu.edu.au&gt;</i></b> wrote:<blockquote class="replbq" style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"> Rohit wrote:<br>&gt; Hi,<br>&gt; <br>&gt; I am trying to generate a polymer layer with 30 chains of 20 monomeric <br>&gt; units using gromacs' genbox command. For that, I need to have .itp file <br>&gt; for the single polymer chain (polystyrene). I have .itp file for styrene <br>&gt; molecule, how can I make a .itp file for polymer chain using .itp file <br>&gt; of styrene? I guess there must be some way to use parameters of styrene <br>&gt; molecule to build up a .itp file for the polymer.<br>&gt; I would appreciate If someone can help me with this.<br><br>For a given n, you can build an n-styrene .top file with pdb2gmx. For <br>this to work, you need a styrene .rtp file entry that defines head and <br>tail atoms in a manner analogous to the peptide .rtp file
 entries, and <br>probably you will also need to make .tdb entries to cap the chains. Read <br>the relevant sections of chapter 5 and the wiki thoroughly, and <br>experiment with this mechanism on peptides (where it already works) <br>before trying to build the elements for your system.<br><br>Once you have the .rtp and .tdb entries constructed, you give pdb2gmx a <br>structure file containing the 20-styrene molecule, and it uses the <br>residue numbering in that to infer the topology based on the .rtp entry. <br>Then you edit the .top file by hand to become a 20-styrene .itp file. <br>Then you can construct your 30-chain coordinate file somehow, #include <br>the 20-styrene .itp file, construct a .top file by hand, and make sure <br>its [ molecules ] entry has 30 styrene molecules. pdb2gmx might also be <br>able to handle the 30 20-styrene coordinate file directly with the right <br>command-line option, but I've never done it, so you're on your own
 there.<br><br>Mark<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br></blockquote><br><p>&#32;


      <!--3--><hr size=1></hr> Save all your chat conversations. <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_webmessenger_3/*http://in.messenger.yahoo.com/webmessengerpromo.php">Find them online.</a>