Dear Justin,<br>I try again by correcting the typo mistake I made, this time it gives the following type of out put;<br><br>Step 0, time 0 (ps) LINCS WARNING<br>relative constraint deviation after LINCS:<br>max 224.227448 (between atoms 1932 and 1934) rms 4.182895<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br> atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length<br> 198 200 49.7 0.1449 0.1615 0.1449<br> 200 201 90.1 0.1090 1.2643 0.1090<br> 200 202 46.8 0.1529 0.1690 0.1529<br> 200 211 41.2 0.1522 0.1686
0.1522<br> 264 265 70.9 0.1229 0.1349 0.1229<br> 264 266 47.2 0.1335 0.1443 0.1335<br> 266 267 66.8 0.1010 0.1148 0.1010<br> 266 268 70.1 0.1010 0.1010 0.1010<br> 407 408 32.7 0.1090 0.1091 0.1090<br> 457 458 90.0 0.1080 0.1195 0.1080<br> 910 912 51.3 0.1090
0.1088 0.1090<br> 1001 1002 58.3 0.1090 0.1095 0.1090<br> 1062 1065 90.0 0.1090 0.1098 0.1090<br> 1249 1252 35.6 0.1509 0.1233 0.1510<br> 1252 1253 38.8 0.1399 0.1381 0.1400<br> 1252 1255 92.2 0.1399 0.5340 0.1400<br> 1255 1256 89.8 0.1080 0.4882 0.1080<br> 1255 1259 88.6 0.1400
1.2513 0.1400<br> 1257 1261 84.5 0.1399 0.4295 0.1400<br> 1259 1260 89.3 0.1080 1.0345 0.1080<br> 1259 1261 90.2 0.1399 1.0302 0.1400<br> 1261 1262 87.2 0.1364 0.3727 0.1364<br> 1262 1263 89.3 0.0945 0.3040 0.0945<br> 1926 1929 91.1 0.1529 0.1698 0.1529<br> 1929 1930 91.1 0.1090
0.1885 0.1090<br> 1929 1931 91.0 0.1090 0.2040 0.1090<br> 1929 1932 90.2 0.1529 1.1270 0.1529<br> 1932 1933 90.2 0.1090 1.0924 0.1090<br> 1932 1934 90.0 0.1090 24.5498 0.1090<br> 1932 1935 90.3 0.1463 1.1944 0.1463<br> 1935 1936 92.0 0.1010 0.1697 0.1010<br> 1935 1937 92.2 0.1340 0.1430
0.1340<br> 2565 2566 90.0 0.1090 0.1235 0.1090<br>step 0Warning: 1-4 interaction between 196 and 201 at distance 1.104 which is larger than the 1-4 table size 1.000 nm<br>These are ignored for the rest of the simulation<br>This usually means your system is exploding,<br>if not, you should increase table-extension in your mdp file<br><br>Step 1, time 0.002 (ps) LINCS WARNING<br>relative constraint deviation after LINCS:<br>max 10632.446289 (between atoms 1932 and 1933) rms 207.682693<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br> atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length<br> 170 172 63.2 0.1335 0.1515 0.1335<br> 172 173 41.5 0.1449
0.1423 0.1449<br> 172 181 87.7 0.1449 0.2694 0.1449<br> 173 174 38.5 0.1090 0.1401 0.1090<br> 173 184 33.3 0.1522 0.1855 0.1522<br> 175 178 64.7 0.1529 0.2016 0.1529<br> 178 179 89.5 0.1090 0.1885 0.1090<br> 178 180 89.9 0.1090 1.3654 0.1090<br> 178 181
89.2 0.1529 0.2470 0.1529<br> 181 182 76.8 0.1090 0.2233 0.1090<br> 181 183 63.7 0.1090 0.2001 0.1090<br> 200 201 90.3 1.2643 0.2235 0.1090<br> 200 202 33.2 0.1690 0.1498 0.1529<br> 200 211 31.1 0.1686 0.1533 0.1522<br> 202 203 31.6 0.1045 0.1152 0.1090<br>
202 204 44.7 0.1033 0.1210 0.1090<br> 202 205 32.9 0.1481 0.1654 0.1529<br> 211 213 32.6 0.1352 0.1395 0.1335<br> 261 263 90.0 0.1083 0.4201 0.1090<br> 266 267 37.3 0.1148 0.1001 0.1010<br> 266 268 58.3 0.1010 0.1009 0.1010<br> 455 456 89.9 0.1082
0.2429 0.1080<br> 457 458 90.0 0.1195 0.2815 0.1080<br> 910 912 42.3 0.1088 0.1093 0.1090<br> 1001 1002 44.5 0.1095 0.1091 0.1090<br> 1062 1065 90.0 0.1098 0.1777 0.1090<br> 1212 1222 102.3 0.1522 0.2192 0.1522<br> 1222 1223 102.5 0.1229 0.2490 0.1229<br> 1222 1224 92.3 0.1335
0.9308 0.1335<br> 1224 1225 94.2 0.1010 0.8418 0.1010<br> 1224 1226 91.4 0.1449 5.3237 0.1449<br> 1226 1227 90.9 0.1090 4.9695 0.1090<br> 1226 1228 92.0 0.1529 5.0058 0.1529<br> 1226 1243 90.1 0.1523 121.0580 0.1522<br> 1228 1229 92.3 0.1090 1.2347 0.1090<br> 1228 1230 92.0 0.1090 1.2312
0.1090<br> 1228 1231 90.9 0.1510 1.2383 0.1510<br> 1231 1232 105.8 0.1400 0.2522 0.1400<br> 1231 1234 105.0 0.1400 0.2524 0.1400<br> 1243 1244 90.2 0.1230 121.2270 0.1229<br> 1243 1245 89.9 0.1339 121.7164 0.1335<br> 1245 1246 90.8 0.1013 7.4736 0.1010<br> 1245 1247 91.2 0.1461 9.3242 0.1449<br> 1247 1248
88.4 0.1101 3.5300 0.1090<br> 1247 1249 87.9 0.1400 13.9017 0.1529<br> 1247 1264 86.2 0.1536 3.3652 0.1522<br> 1249 1250 90.9 0.0909 11.7951 0.1090<br> 1249 1251 80.9 0.0946 7.1358 0.1090<br> 1249 1252 104.0 0.1233 3.9039 0.1510<br> 1252 1253 92.6 0.1381 35.9373 0.1400<br> 1252 1255 93.0 0.5340
91.0049 0.1400<br> 1253 1254 104.9 0.1101 18.0069 0.1080<br> 1253 1257 75.2 0.1594 38.5236 0.1400<br> 1255 1256 88.3 0.4882 84.5694 0.1080<br> 1255 1259 122.1 1.2513 81.3966 0.1400<br> 1257 1258 136.3 0.1048 13.4286 0.1080<br> 1257 1261 40.9 0.4295 104.5817 0.1400<br> 1259 1260 154.1 1.0345 64.8333 0.1080<br> 1259 1261
147.6 1.0302 99.2752 0.1400<br> 1261 1262 55.7 0.3727 127.5117 0.1364<br> 1262 1263 101.7 0.3040 30.3805 0.0945<br> 1264 1265 86.7 0.1235 0.5055 0.1229<br> 1264 1266 86.8 0.1340 0.7744 0.1335<br> 1266 1267 85.1 0.1011 0.8284 0.1010<br> 1266 1268 88.5 0.1450 5.9925 0.1449<br> 1268 1269 88.5 0.1090
5.4408 0.1090<br> 1268 1270 88.2 0.1529 5.9981 0.1529<br> 1268 1283 89.4 0.1522 15.8593 0.1522<br> 1270 1271 85.7 0.1090 0.9184 0.1090<br> 1270 1272 87.5 0.1529 1.2168 0.1529<br> 1270 1275 87.3 0.1529 1.0977 0.1529<br> 1272 1273 84.9 0.1090 0.2857 0.1090<br> 1272 1274 84.2 0.1090 0.2813
0.1090<br> 1272 1279 84.1 0.1529 0.3192 0.1529<br> 1275 1276 85.4 0.1090 0.3222 0.1090<br> 1275 1277 85.1 0.1090 0.3207 0.1090<br> 1275 1278 86.0 0.1090 0.3219 0.1090<br> 1279 1280 51.4 0.1090 0.1699 0.1090<br> 1279 1281 51.8 0.1090 0.1705 0.1090<br> 1279 1282 52.3 0.1090 0.1712 0.1090<br>
1283 1284 88.4 0.1229 16.0781 0.1229<br> 1283 1285 90.5 0.1335 9.9876 0.1335<br> 1285 1286 89.3 0.1010 5.9386 0.1010<br> 1285 1287 87.9 0.1449 8.3253 0.1449<br> 1287 1288 90.2 0.1090 2.4711 0.1090<br> 1287 1289 91.1 0.1529 2.6692 0.1529<br> 1287 1304 92.0 0.1522 2.6390 0.1522<br> 1289 1290
88.4 0.1090 0.4779 0.1090<br> 1289 1291 88.4 0.1090 0.4772 0.1090<br> 1289 1292 85.5 0.1510 0.4855 0.1510<br> 1304 1305 86.1 0.1229 0.4048 0.1229<br> 1304 1306 88.9 0.1335 0.3301 0.1335<br> 1306 1307 97.2 0.1010 0.1175 0.1010<br> 1306 1308 121.5 0.1449 0.0475 0.1449<br> 1308 1309 31.2
0.1090 0.1219 0.1090<br> 1881 1882 90.0 0.1090 0.8050 0.1090<br> 1920 1922 90.2 0.1343 0.1091 0.1335<br> 1922 1923 100.6 0.1018 0.1702 0.1010<br> 1922 1924 101.6 0.1465 1.2513 0.1449<br> 1924 1925 94.4 0.1105 1.3178 0.1090<br> 1924 1926 89.0 0.1493 16.6627 0.1529<br> 1924 1944 111.3 0.1536 1.1692
0.1522<br> 1926 1927 95.5 0.1036 11.7246 0.1090<br> 1926 1928 86.7 0.1019 14.4924 0.1090<br> 1926 1929 91.7 0.1698 85.0559 0.1529<br> 1929 1930 89.7 0.1885 78.7063 0.1090<br> 1929 1931 89.9 0.2040 81.0389 0.1090<br> 1929 1932 93.4 1.1270 149.6392 0.1529<br> 1932 1933 90.6 1.0924 1159.0457 0.1090<br> 1932 1934 91.4
24.5498 118.7850 0.1090<br> 1932 1935 92.5 1.1944 170.9541 0.1463<br> 1935 1936 91.2 0.1697 63.3951 0.1010<br> 1935 1937 82.3 0.1430 74.8514 0.1340<br> 1937 1938 109.4 0.1385 8.0449 0.1340<br> 1937 1941 60.5 0.1291 6.4124 0.1340<br> 1938 1939 82.5 0.1007 7.9157 0.1010<br> 1938 1940 67.1 0.1047 6.3013
0.1010<br> 1941 1942 104.9 0.1049 9.1425 0.1010<br> 1941 1943 117.2 0.1055 7.4587 0.1010<br> 1944 1945 98.8 0.1239 0.2205 0.1229<br> 1944 1946 101.3 0.1345 0.1932 0.1335<br> 2549 2550 61.1 0.1449 0.0977 0.1449<br> 2550 2551 84.2 0.1090 0.1008 0.1090<br> 2550 2552 57.9 0.1529 0.0998 0.1529<br> 2550
2561 36.1 0.1523 0.1861 0.1522<br> 2561 2562 77.7 0.1230 0.1257 0.1229<br> 2561 2563 88.9 0.1336 0.3782 0.1335<br> 2563 2565 85.0 0.1448 0.4803 0.1449<br> 2565 2566 89.5 0.1235 3.4698 0.1090<br> 2565 2567 39.7 0.1529 0.1625 0.1529<br> 2565 2576 59.5 0.1522 0.1316 0.1522<br> 2567 2568
38.5 0.1090 0.0818 0.1090<br>Segmentation fault<br>ahmad@uop:~/protein> <br>Regards,<br>Lal badshah<br><p> Send instant messages to your online friends http://uk.messenger.yahoo.com