Dear Justin,<br>Hi,<br>I want to do MD simulation of cholera toxin A-subunit.I took PDB file and remove other complexes from the protein so it comes to 185 amino acid residues.Through Whatif server I added the missing atoms. I uses oplsaa force field.Added about 11700 water molecules, closed it in cubic box, added 5 sodium ions.Run the energy minimization but it didn't reached the full and output says:<font size="2"><span class="mw-headline">Converged to machine precision, but not to the requested precision.The EM value was in negative.Then I do the equilibration and the mentioned errors occured.My EM file is:<br>title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = cholera.mdp<br>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = /usr/bin/cpp ; the c preprocessor<br>include&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -I/usr/share/gromacs/top<br>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -DFLEXIBLE<br>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 = none<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = steep<br>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.002<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10000<br>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp; = PME<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = cut-off<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.4<br>fourierspacing = 0.12<br>fourier_nx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>fourier_ny&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>fourier_nz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4<br>ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1es<br>optimize_fft&nbsp;&nbsp; = yes<br>;<br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Energy minimization stuff<br>emtol =
 1000.0<br>emstep = 0.01<br>--------------------------------------------------------------------------------------------------<br>Wile pr.mdp file istitle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = pr.mdp<br>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = /usr/bin/cpp<br>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -DPOSRES<br>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = all-bonds<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = md<br>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.002<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100000<br>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 250<br>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<br>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
 10<br>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = PME<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = cut-off<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.4<br>fourierspacing&nbsp; = 0.12<br>fourier_nx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>fourier_ny&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>fourier_nz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4<br>ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1e5<br>optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<br>;Berendsen temperature coupling is on<br>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = berendsen<br>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1 <br>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = protein&nbsp; non-protein<br>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 298&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 298 <br>;Pressure coupling is on<br>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = berendsen<br>tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20<br>compressibility = 4.5e-5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.5e-5<br>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0<br>;Generate velocities is on at 298 K<br>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<br>gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 298<br>gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 173529<br>#############################################################<br>Waiting for your
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