Hi all , <br>I wanted to use OPLS-FF for POPC and Protein, I followed the procedure from archives and the link is <br><u><a href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2006-September/023639.html">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2006-September/023639.html</a></u><br>
The steps I have done are<br>1. I added &quot;atom types&quot; from lipid.itp to ffoplsaanb.itp&nbsp; here I got&nbsp; no exponential values for &quot;sigma&quot; and positive exponential &quot;epsilon&quot; values when substituted in equations.<br>
(atom types) &nbsp;  <br>&nbsp; ;name&nbsp; name&nbsp; charge&nbsp; mass&nbsp; charge&nbsp; ptype&nbsp; sigma&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; epsilon<br>&nbsp;&nbsp; LO&nbsp;&nbsp;&nbsp; LO &nbsp; &nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00011209814&nbsp;&nbsp; 2.90868792E+17 ;carbonyl O, OPLS<br>&nbsp; <br>2. I added &quot;pair types&quot; from lipid.itp to ffoplsaanb.itp&nbsp; same kind of values came for sigma and epsilon<br>
&nbsp;&nbsp; [ pairtypes ]<br>&nbsp; ; i&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; j&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; func&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sigma&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; epsilon<br>&nbsp;&nbsp; LO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000112183829&nbsp; 3.61555415E+16<br>&nbsp; <br>3. I added dihedral types from lipid.itp to ffoplsaabon.itp <br><br>&nbsp;&nbsp; LP2&nbsp; LP2&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 9.2789&nbsp;&nbsp; 12.156&nbsp; -13.120 -3.0597 26.240 -31.495<br>
<br>4. Changed OW&nbsp; to opls_116 in ffoplsaa.itp file<br>5. Removed HW in ffoplsaa.itp file<br><br>6. I made toplogy like this <br><br>#include &quot;ffoplsaa.itp&quot;<br>#include &quot;popc.itp&quot;<br>#include &quot;spc.itp&quot;<br>
<br>(sytem name)<br>(molecules)<br>protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>POPC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 87<br>Sol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2020<br>all these .itp files included in protein.top file generated by pdb2gmx command in which took OPLS-FF<br><br>7.Later ran minimisation it went fine wihtout error<br>
8. when I am trying to run equilibration, crashed&nbsp; and showed segmentation fault <br>The commands used are : grompp -f pr.mdp -c em.gro -p .top&nbsp; -o&nbsp; out.tpr<br>mdrun -v -deffnm out<br><br>Step 21, time 0.042 (ps)&nbsp; LINCS WARNING<br>
relative constraint deviation after LINCS:<br>max 8904.457031 (between atoms 1124 and 1126) rms 126.620766<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br>&nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, constraint length<br>&nbsp;&nbsp; 1120&nbsp;&nbsp; 1121&nbsp;&nbsp; 96.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1470&nbsp;&nbsp; 0.5591&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1470<br>
&nbsp;&nbsp; 1121&nbsp;&nbsp; 1122&nbsp;&nbsp; 92.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530&nbsp;&nbsp; 5.3756&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>&nbsp;&nbsp; 1122&nbsp;&nbsp; 1123&nbsp;&nbsp; 90.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1430&nbsp; 41.4380&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1430<br>&nbsp;&nbsp; 1123&nbsp;&nbsp; 1124&nbsp;&nbsp; 90.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1610 235.0883&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1610<br>&nbsp;&nbsp; 1124&nbsp;&nbsp; 1125&nbsp;&nbsp; 91.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1480 190.6947&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1480<br>
segmentation fault. <br><br>I have 3 doubts<br>1.The steps I followed is correct? any comments will be appreciated <br>2. No need to include nonbandparameters and parameters for lipid and gromos interactions from lipid.itp to ffoplsaa.itp ?<br>
3.&nbsp; LO&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 0.00000e+00&nbsp; 0.00000e+00 in this line how we will remove only HW without changing LO ?<br>Pls suggest me detail explanation <br>All comments will be appreciated<br>Thanks in advance.<br>