<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
FONT-SIZE: 10pt;
FONT-FAMILY:Tahoma
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'><div style="text-align: left;">Hi,<br><br>I am also starting to wonder now if you might have other problems.<br>Have you checked if there aren't very strong volume fluctuations?<br><br>Could you mail your mdp pressure coupling parameters?<br><br>Berk.<br></div><br><br><hr id="stopSpelling">&gt; Date: Thu, 27 Mar 2008 15:16:39 +0100<br>&gt; From: reich@mpikg.mpg.de<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: [gmx-users] Skewed box using Parrinello-Rahman pressure coupling<br>&gt; <br>&gt; Hi Berk,<br>&gt; <br>&gt; I reran my simulations with the settings you suggested. Unfortunately most<br>&gt; of them crashed. In some of them I received the original error message:<br>&gt; <br>&gt; Source code file: ns.c, line: 313<br>&gt; <br>&gt; Fatal error:<br>&gt; Could not correct too skewed box<br>&gt; <br>&gt; I did not, however, receive this message from all runs. In some cases<br>&gt; conformations were written out for a few steps shortly before the run<br>&gt; crashed, but the simulation process was killed before any error could be<br>&gt; written out. The log-files no proper ending in these cases. Is there any<br>&gt; way to get the error message before the simulation process is killed?<br>&gt; <br>&gt; In one particular simulation the end of the log-file looked like this:<br>&gt; <br>&gt; Correcting invalid box:<br>&gt; old box (3x3):<br>&gt;    old box[    0]={ 5.62033e+00,  0.00000e+00,  0.00000e+00}<br>&gt;    old box[    1]={ 2.79637e+00,  5.26160e+00,  0.00000e+00}<br>&gt;    old box[    2]={-2.81298e+00, -3.13776e-03,  4.54280e+00}<br>&gt; new box (3x3):<br>&gt;    new box[    0]={ 5.62033e+00,  0.00000e+00,  0.00000e+00}<br>&gt;    new box[    1]={ 2.79637e+00,  5.26160e+00,  0.00000e+00}<br>&gt;    new box[    2]={ 2.80735e+00, -3.13776e-03,  4.54280e+00}<br>&gt; <br>&gt; t = 34154.008 ps: Water molecule starting at atom 1615 can not be settled.<br>&gt; Check for bad cont<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; I am not sure whether there is another problem with this simulation<br>&gt; causing the crash. But since the crash occurred directly after the<br>&gt; correction of the box I thought I should report this as well.<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; Best<br>&gt; <br>&gt; Luther<br>&gt; <br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
</html>