<P>
Dear gromacs users,<BR>
<BR>
<BR>
I ran 100ps equilibraion, NVT, prior to running 60ps NVE to check the energy conservation with different timesteps: 1.0fs, 1.5fs and 2.0fs, but&nbsp; these NVE simulations seem not to converge even after. Following is the command I used for running 60ps NVE :<BR>
----------------------------------------------------------------------<BR>
grompp_d -np $PBS_NCPUS -f mdout_NVE.mdp -p topol.top -c conf_100.gro -o binary.tpr<BR>
mpirun mdrun_mpi_d -s binary.tpr -o pr.trr -c output_1.gro -g topol.log<BR>
-------------------------------------------------------------------------<BR>
conf_100.gro is the equilibrated box, from my 100ps NVT, which I used for the NVE's. Is this the right way of doing it? or Am I miss something else in those commands.<BR>
My system is 500 TIP5P box.<BR>
&nbsp; <BR>
<BR>
regards,<BR>
Jestin<BR>
<BR>

</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-home.htm/1050715198@Middle5/2076213_2068813/2076295/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null' target=new ><img src ='http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/2076213_2068813/creative_2076295.gif'  alt='ICL'  border=0></a></td></TR></Table>