Dear users,<br><br>I am using g_sas to analyse simulations which contain an AMP molecule and Mg ion (in addition to amino acid ligands and an enzyme). When running g_sas I get the message: WARNING: could not find a Van der Waals radius for 2 atoms. I presume these two atoms are the P and Mg. Is there any way of defining radii for these atoms? Also if I am comparing the SASA for the enzyme in three different simulations were only the ligand (for which all radii are defined) differs, would this have a huge effect on the results?<br>
<br>Thanks,<br>Jo.<br>