Hi all, <br>Thanks for the response.<br><br>I used OPLS-AA/L force field for POPC and Protein<br>I calculated&nbsp; the sigma and epsilon values as the way Mr.Justin mentioned in yesterday reply , the values I got are<br>&nbsp;;name&nbsp;&nbsp; name&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp; ptype&nbsp;&nbsp;&nbsp; sigma&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; epsilon<br>

&nbsp; LO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.295999914&nbsp; 0.878694594 ;carbonyl O, OPLS<br>&nbsp; LOM&nbsp;&nbsp; LOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.295999914&nbsp; 0.878694594 ;carboxyl O, OPLS<br>&nbsp; LNL&nbsp;&nbsp;&nbsp; LNL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 14.0067&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.35300e-03&nbsp; 3.95100e-06 ;Nitrogen, OPLS<br>

&nbsp; is it correct?<br><br>&nbsp;Then in First step of Chris procedure(web link quoted below), suggested that add atom type H from opls_369 to match H expected by pope.itp<br><br>&nbsp;In archives this type of problem posted for pope type of lipids<br>
&nbsp; opls_369 &nbsp; H &nbsp;&nbsp; 1 &nbsp; 1.008&nbsp; 0.400 &nbsp; &nbsp; A &nbsp; &nbsp; 0.0000e+00 &nbsp; 0.0000e+00 (for pope)<br>
&nbsp;Im using POPC type of lipid<br>&nbsp;I want to ask two things<br>1.&nbsp; How to modify H atom type in popc.itp file<br><br>2. Mr. Chris mentioned that Parameters require a double pairs section,&nbsp; how&nbsp; can I mention?<br><br>Pls give me detail explanation <br>

all comments will be appreciated 
<br>Thanks in advance<br><br><br>&gt;Yes, the LO LO in atom type should be as Justin has mentioned.<br>
&gt;Sudheer, please note that the original post that you quote below actually includes an example for LO LO<br>&nbsp;
 &gt; &quot;LO &nbsp; &nbsp; &nbsp; LO &nbsp; &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp;15.9994 &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.000 &nbsp; &nbsp; &nbsp; A &nbsp; &nbsp;2.96000e-01 &nbsp;8.87864e-01&quot;<br>
<br>
&gt;Also note that similar information is available in that post for pairtypes.<br>
&gt;Also note that these parameters require a double pairs section. Please
do a search for my posts on this method and read them carefully.<br>
<br>
Chris.<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
--- original message ---<br>
<br>
<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; &gt; Hi all ,<br>
&gt; &gt; I wanted to use OPLS-FF for POPC and Protein, I followed the procedure from<br>
&gt; &gt; archives and the link is<br>
&gt; &gt; *<a href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2006-September/023639.html*" target="_blank">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2006-September/023639.html*</a><br>
&gt; &gt; The steps I have done are<br>
&gt; &gt; 1. I added &quot;atom types&quot; from lipid.itp to ffoplsaanb.itp &nbsp;here I got &nbsp;no<br>
&gt; &gt; exponential values for &quot;sigma&quot; and positive exponential &quot;epsilon&quot; values<br>
&gt; &gt; when substituted in equations.<br>
&gt; &gt; (atom types)<br>
&gt; &gt; &nbsp; ;name &nbsp;name &nbsp;charge &nbsp;mass &nbsp;charge &nbsp;ptype &nbsp;sigma &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;epsilon<br>
&gt; &gt; &nbsp; &nbsp;LO &nbsp; &nbsp;LO &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp;15.9994 &nbsp; 0.000 &nbsp; A &nbsp; &nbsp; 0.00011209814<br>
&gt; &gt; 2.90868792E+17;carbonyl O, OPLS<br>
&gt;<br>
<br>&gt;I think you have done your calculations wrong. &nbsp;Check the formulas again<br>
&gt;provided in Chris&#39; post. &nbsp;For example, if I calculate sigma and epsilon<br>
&gt;according to his equation, I get:<br>
<br>
&gt;sigma = 0.2959999302<br>
&gt;epsilon = 0.8786943396<br>
<br>
&gt;which seem much more reasonable, given the magnitudes of sigma and epsilon from<br>
&gt;ffoplsaanb.itp.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<br><br><pre><br><br><br></pre>