<P>
Hello users,<BR>
&nbsp;  I am trying to simulate Hydrogen and Oxygen gas diffusion pathways in a protein. <BR>
First I have simulated the protein in a water bath for 50 ps .<BR>
Now I want to simate it in a box containing either only gas molecule or both gas+water molecule.<BR>
I have used genbox to replace some water molecule randomly with hydrogen gas molecule.<BR>
The problem is that when I am prepairing the top file fo this system it is not identifying the hydrogen gas molecule.<BR>
Please tell me the way by which I can do this simulation.<BR>
Kindly also tellme about some papers related to this work.<BR>
Sincerely <BR>
Vipul Gupta <BR>

</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-home.htm/1050715198@Middle5/2076213_2068813/2076295/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null' target=new ><img src ='http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/2076213_2068813/creative_2076295.gif'  alt='ICL'  border=0></a></td></TR></Table>