<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">

<head>
<meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<meta name=Generator content="Microsoft Word 12 (filtered medium)">
<style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Consolas;
        panose-1:2 11 6 9 2 2 4 3 2 4;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
p.MsoPlainText, li.MsoPlainText, div.MsoPlainText
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Texto sin formato Car";
        margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:10.5pt;
        font-family:Consolas;}
span.EstiloCorreo17
        {mso-style-type:personal-compose;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:windowtext;}
span.TextosinformatoCar
        {mso-style-name:"Texto sin formato Car";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Texto sin formato";
        font-family:Consolas;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;}
@page Section1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:70.85pt 3.0cm 70.85pt 3.0cm;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style>
<!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapelayout v:ext="edit">
  <o:idmap v:ext="edit" data="1" />
 </o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>

<body lang=ES-MX link=blue vlink=purple>

<div class=Section1>

<p class=MsoPlainText><span lang=EN-US>Dear all,<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoPlainText><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoPlainText><span lang=EN-US>My question is related to the
calculation of absolute binding Gibbs energies more than to the use of Gromacs
but it is motivated by a paragraph of the Gromacs manual version 3.3 (and also
on several papers by Gilson, Karplus, and others), so I hope someone can help
me.<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoPlainText><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoPlainText><span lang=EN-US>We have calculated the PMF curve along
the distance between the center of mass of a cyclodextrin (an oligosaccharide
with a hydrophobic cavity mimicking a pocket in a protein) and a surfactant of
relatively short aliphatic chain. Following the work of Gilson (several papers
published between 1997 and 2006 mainly in J Phys Chem B and Biophys. J.), we
hope to obtain a quantitative approach to the absolute binding Gibbs energy
from the integration of the Boltzmann factor for the pmf, but our problem is
whether or not we should perform before in this curve the so-called entropic
correction (also named by others volume correction term). The abovementioned
paragraph is in the page 111 (the first page of chapter 6):<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoPlainText><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoPlainText><span lang=EN-US>&#8220;When a distance between two atoms
or the centers of mass of two groups is constrained or restrained, there will
be a purely entropic contribution to the pmf due to the rotation of the two
groups. For a system of two non-interacting masses the potential of mean force
is:<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoPlainText><span lang=EN-US>Vpmf (r) = (nc-1)kBT log(r)           (6.1)<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoPlainText><span lang=EN-US>where nc is the number of dimensions in
which the constraint works (i.e. nc = 3 for a normal constraint and nc = 1 when
only the z-direction is constrained).&#8221;<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoPlainText><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoPlainText><span lang=EN-US>I think that I understand the meaning
and source of that term but the paragraph follows:<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoPlainText><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoPlainText><span lang=EN-US>&#8220;Whether one needs to correct for
this contribution depends on what the pmf should represent. When one wants to
pull a substrate into a protein, this entropic term indeed contributes to the
work to get the substrate into the protein. But when calculating a pmf between
two solutes in a solvent, for the purpose of simulating without solvent, the
entropic contribution should be removed. Note that this term can be
significant; when at 300K the distance is halved the contribution is 3.5 kJ
mol-1.&#8221;<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoPlainText><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoPlainText><span lang=EN-US>I assume that our case is very similar
to a substrate-protein complex and then we should not correct the pmf, but I do
not understand exactly why not.<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoPlainText><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoPlainText><span lang=EN-US><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoPlainText>Angel Piņeiro.<o:p></o:p></p>

</div>

</body>

</html>